More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1891 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.11 
 
 
376 aa  667    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.97 
 
 
388 aa  677    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.64 
 
 
376 aa  671    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.26 
 
 
376 aa  634    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
380 aa  779    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.05 
 
 
376 aa  626  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.52 
 
 
376 aa  617  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.16 
 
 
375 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.41 
 
 
374 aa  524  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 
379 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.3 
 
 
375 aa  504  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.3 
 
 
414 aa  504  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.64 
 
 
376 aa  495  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.83 
 
 
376 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.03 
 
 
376 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.02 
 
 
379 aa  489  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.5 
 
 
376 aa  490  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.22 
 
 
371 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.3 
 
 
383 aa  489  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.03 
 
 
376 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.74 
 
 
383 aa  486  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.83 
 
 
378 aa  482  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.93 
 
 
387 aa  480  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.46 
 
 
378 aa  478  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.63 
 
 
384 aa  480  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.66 
 
 
379 aa  481  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.77 
 
 
386 aa  478  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.74 
 
 
383 aa  472  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.53 
 
 
378 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.8 
 
 
377 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.96 
 
 
377 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.99 
 
 
380 aa  465  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.22 
 
 
377 aa  460  9.999999999999999e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.14 
 
 
376 aa  451  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.92 
 
 
395 aa  440  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.45 
 
 
385 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.36 
 
 
377 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.89 
 
 
377 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.08 
 
 
377 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.81 
 
 
377 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  59 
 
 
374 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.85 
 
 
371 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  59 
 
 
374 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  59 
 
 
374 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.91 
 
 
370 aa  430  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  59 
 
 
374 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  59 
 
 
377 aa  430  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.28 
 
 
377 aa  428  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.84 
 
 
372 aa  430  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.45 
 
 
374 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.45 
 
 
374 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.53 
 
 
377 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.89 
 
 
374 aa  431  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.45 
 
 
374 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.97 
 
 
382 aa  425  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.17 
 
 
374 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.3 
 
 
381 aa  425  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.45 
 
 
374 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.85 
 
 
371 aa  425  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.73 
 
 
374 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1413  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.3 
 
 
371 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.786795  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 
377 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.89 
 
 
370 aa  422  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.68 
 
 
380 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.33 
 
 
377 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.04 
 
 
371 aa  423  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 
380 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.45 
 
 
374 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.94 
 
 
374 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.89 
 
 
373 aa  421  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.06 
 
 
372 aa  419  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.99 
 
 
377 aa  418  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.3 
 
 
385 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.05 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.2 
 
 
375 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.68 
 
 
369 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.37 
 
 
372 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.88 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  56.71 
 
 
371 aa  415  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
374 aa  414  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.81 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.38 
 
 
382 aa  416  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.2 
 
 
370 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.2 
 
 
372 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
391 aa  412  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.08 
 
 
375 aa  412  1e-114  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.22 
 
 
374 aa  414  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
383 aa  414  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
373 aa  409  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.4 
 
 
370 aa  409  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.52 
 
 
370 aa  409  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.13 
 
 
379 aa  408  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.75 
 
 
371 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.08 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.08 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.08 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.7 
 
 
383 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
375 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.87 
 
 
378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.08 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>