202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0241 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  100 
 
 
345 aa  696    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  59.27 
 
 
337 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0106  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  56.68 
 
 
346 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0971738  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  51.51 
 
 
334 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  50.79 
 
 
344 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.56 
 
 
349 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  33.55 
 
 
345 aa  177  3e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  32.49 
 
 
347 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  32.18 
 
 
347 aa  170  3e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  34.72 
 
 
336 aa  169  5e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  32.6 
 
 
347 aa  168  1e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  31.56 
 
 
345 aa  168  1e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1122  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  32 
 
 
328 aa  160  3e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.658322  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.05 
 
 
353 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.1 
 
 
334 aa  156  4e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  33.23 
 
 
351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.87 
 
 
353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.53 
 
 
383 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  31.29 
 
 
361 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  34.78 
 
 
349 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.78 
 
 
349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.78 
 
 
349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  36.19 
 
 
351 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  35.15 
 
 
333 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.68 
 
 
329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.36 
 
 
338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  33.64 
 
 
353 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  31.86 
 
 
349 aa  144  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  29.23 
 
 
376 aa  143  5e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0555  ureidoglycolate dehydrogenase  31.76 
 
 
349 aa  143  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  33.44 
 
 
348 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0562  ureidoglycolate dehydrogenase  31.86 
 
 
349 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3096  ureidoglycolate dehydrogenase  31.56 
 
 
349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3105  ureidoglycolate dehydrogenase  31.56 
 
 
349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0591  ureidoglycolate dehydrogenase  31.56 
 
 
349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.560596  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.12 
 
 
332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  30.88 
 
 
351 aa  139  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00467  ureidoglycolate dehydrogenase  31.47 
 
 
349 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00472  hypothetical protein  31.47 
 
 
349 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  33.97 
 
 
340 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  31.27 
 
 
335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  31.27 
 
 
335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  31.27 
 
 
335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.86 
 
 
364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  31.66 
 
 
349 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  33.97 
 
 
340 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  30.68 
 
 
349 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  33.97 
 
 
340 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.38 
 
 
355 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  30.38 
 
 
349 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  30.68 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.65 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  30.88 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  32.48 
 
 
340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  33.65 
 
 
340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  31.87 
 
 
340 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.02 
 
 
355 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  35.53 
 
 
329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  30.62 
 
 
350 aa  133  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  29.94 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  35.92 
 
 
344 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.43 
 
 
354 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  32.23 
 
 
361 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  27.75 
 
 
358 aa  132  9e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  32.18 
 
 
336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0618  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.66 
 
 
350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  32.83 
 
 
356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  32.48 
 
 
340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.42 
 
 
350 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  29.71 
 
 
348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.76 
 
 
353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  32.42 
 
 
350 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  29.89 
 
 
362 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.14 
 
 
355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  32.17 
 
 
365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  31.61 
 
 
343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 
344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  29 
 
 
367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.8 
 
 
356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.29 
 
 
340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  31.2 
 
 
364 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 
343 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  32.74 
 
 
355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.72 
 
 
331 aa  125  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.26 
 
 
353 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  30.29 
 
 
352 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.45 
 
 
362 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.86 
 
 
359 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  29.75 
 
 
375 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 
345 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.26 
 
 
732 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  32.09 
 
 
339 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  32.33 
 
 
332 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1699  malate/L-lactate dehydrogenase  31.5 
 
 
361 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  30.63 
 
 
348 aa  123  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  32 
 
 
341 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  32.05 
 
 
352 aa  123  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  30.22 
 
 
349 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  32 
 
 
341 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  30 
 
 
368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>