255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3228 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_3228  rRNA methylase (SpoU class)  100 
 
 
166 aa  334  2.9999999999999997e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.37 
 
 
248 aa  134  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  53.91 
 
 
255 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  51.02 
 
 
245 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  51.82 
 
 
245 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  55.12 
 
 
245 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  51.54 
 
 
251 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  59.02 
 
 
245 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  53.17 
 
 
244 aa  114  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.51 
 
 
245 aa  102  3e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15301  tRNA/rRNA methyltransferase  47.29 
 
 
245 aa  101  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.877523  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11621  tRNA/rRNA methyltransferase  37.1 
 
 
250 aa  86.3  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640948  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  43.2 
 
 
247 aa  84.7  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  41.27 
 
 
268 aa  84.7  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  47.29 
 
 
245 aa  84.3  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  44.63 
 
 
281 aa  84  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  48.82 
 
 
298 aa  83.6  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.51 
 
 
245 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  45.74 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11611  tRNA/rRNA methyltransferase  34.68 
 
 
250 aa  82.4  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.26 
 
 
249 aa  81.6  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.98 
 
 
254 aa  81.3  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  44.63 
 
 
276 aa  81.3  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  44.63 
 
 
291 aa  81.3  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  42.62 
 
 
286 aa  80.9  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.26 
 
 
276 aa  80.9  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.16 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  44.8 
 
 
262 aa  80.1  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.44 
 
 
276 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  45.53 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4224  TrmA family RNA methyltransferase  36.67 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  40.56 
 
 
308 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1594  SpoU rRNA methylase  38.76 
 
 
243 aa  79  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2433  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.06 
 
 
231 aa  79  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04279  predicted rRNA methyltransferase  38.71 
 
 
228 aa  78.6  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04244  hypothetical protein  38.71 
 
 
229 aa  78.6  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.474668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5917  putative RNA methyltransferase  38.71 
 
 
228 aa  78.6  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.579463  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3864  putative RNA methyltransferase  38.76 
 
 
228 aa  78.2  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000175162  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.74 
 
 
248 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3670  putative RNA methyltransferase  38.71 
 
 
228 aa  77.8  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  40.29 
 
 
257 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4953  putative RNA methyltransferase  37.9 
 
 
228 aa  77.8  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.396739  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1407  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.13 
 
 
243 aa  77.4  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0716  tRNA/rRNA methyltransferase  40.8 
 
 
253 aa  77.4  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4951  putative RNA methyltransferase  37.9 
 
 
228 aa  77.4  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  41.94 
 
 
275 aa  77.4  0.00000000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3595  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.9 
 
 
228 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  31.58 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4639  putative RNA methyltransferase  37.9 
 
 
228 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0771017  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5002  putative RNA methyltransferase  37.9 
 
 
228 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.985383  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  44.26 
 
 
399 aa  77  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3654  putative RNA methyltransferase  37.9 
 
 
228 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.749587  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  44.96 
 
 
250 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1148  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.06 
 
 
262 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0532  putative RNA methyltransferase  38.46 
 
 
233 aa  76.6  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.669488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.85 
 
 
264 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  39.06 
 
 
240 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  37.3 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  37.3 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.4 
 
 
271 aa  75.9  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08981  tRNA/rRNA methyltransferase  42.42 
 
 
249 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.723919 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  37.3 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  37.3 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1345  RNA methyltransferase  39.17 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3875  RNA methyltransferase  37.59 
 
 
248 aa  75.5  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250027  normal  0.0540864 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1803  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.03 
 
 
237 aa  75.1  0.0000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11471  tRNA/rRNA methyltransferase  33.06 
 
 
236 aa  75.1  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40 
 
 
246 aa  74.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4923  putative RNA methyltransferase  37.01 
 
 
228 aa  74.7  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000405999  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  36.51 
 
 
243 aa  74.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0071  RNA methyltransferase  35.43 
 
 
231 aa  74.3  0.0000000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.17974  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  39.84 
 
 
253 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  41.8 
 
 
276 aa  73.9  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.9954 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  36.51 
 
 
246 aa  73.9  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.51 
 
 
246 aa  73.9  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  36.51 
 
 
246 aa  73.9  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.51 
 
 
246 aa  73.9  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  36.51 
 
 
246 aa  73.9  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  36.51 
 
 
244 aa  73.9  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  36.51 
 
 
246 aa  73.9  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.51 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  41.94 
 
 
254 aa  73.6  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4957  putative RNA methyltransferase  36.22 
 
 
228 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.914631  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  36.51 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.02 
 
 
267 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  34.78 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5009  putative RNA methyltransferase  36.22 
 
 
228 aa  73.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.954337 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  34.78 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  36.51 
 
 
245 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  40.32 
 
 
263 aa  73.6  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  36.36 
 
 
267 aa  73.2  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0682  putative RNA methyltransferase  35.34 
 
 
228 aa  72.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000176803  normal  0.146747 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.4 
 
 
245 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.3 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.52 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11341  tRNA/rRNA methyltransferase  37.5 
 
 
246 aa  72  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.427943  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3658  putative RNA methyltransferase  39.53 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  37.41 
 
 
252 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  31.88 
 
 
246 aa  72  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  31.65 
 
 
254 aa  71.6  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>