More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4124 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 415 aa  847    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  60.95 
 
 		 418 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  61.45 
 
 		 412 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  61.2 
 
 		 412 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  61.2 
 
 		 412 aa  499  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  61.92 
 
 		 476 aa  495  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  61.69 
 
 		 412 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  61.45 
 
 		 412 aa  487  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.2 
 
 		 412 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  61.2 
 
 		 412 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  61.2 
 
 		 412 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  60.46 
 
 		 410 aa  450  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  50.38 
 
 		 414 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  50.26 
 
 		 413 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  50.12 
 
 		 417 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  50.65 
 
 		 428 aa  385  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  51.12 
 
 		 413 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.12 
 
 		 413 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  50.37 
 
 		 413 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  51.14 
 
 		 413 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  50.25 
 
 		 414 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  49.75 
 
 		 414 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  49.87 
 
 		 412 aa  350  4e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  47.64 
 
 		 412 aa  330  4e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.42 
 
 		 408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  47.11 
 
 		 411 aa  312  7.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  46.44 
 
 		 410 aa  308  8e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  44.54 
 
 		 405 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  43.58 
 
 		 391 aa  296  5e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  45.25 
 
 		 405 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  44.86 
 
 		 406 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  44.86 
 
 		 409 aa  294  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  44.86 
 
 		 409 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  44.86 
 
 		 406 aa  294  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  44.86 
 
 		 406 aa  294  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  44.86 
 
 		 409 aa  294  3e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  44.26 
 
 		 405 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  44.26 
 
 		 405 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  44.26 
 
 		 405 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  44.5 
 
 		 408 aa  292  9e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  45 
 
 		 414 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  43.99 
 
 		 405 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  42.55 
 
 		 371 aa  289  6e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  43.61 
 
 		 418 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.58 
 
 		 424 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.31 
 
 		 419 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.22 
 
 		 436 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.22 
 
 		 436 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  47.18 
 
 		 429 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  43.99 
 
 		 405 aa  279  8e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  38.86 
 
 		 406 aa  276  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  41.08 
 
 		 382 aa  275  7e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  44.02 
 
 		 413 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  38.74 
 
 		 385 aa  273  5.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.85 
 
 		 416 aa  272  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  42.4 
 
 		 387 aa  272  8.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  45.11 
 
 		 414 aa  272  9e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  40.56 
 
 		 427 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  43.34 
 
 		 438 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.13 
 
 		 400 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  40.32 
 
 		 384 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  43.7 
 
 		 391 aa  266  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  40.21 
 
 		 377 aa  264  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  41.03 
 
 		 409 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  42.11 
 
 		 388 aa  263  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  41.96 
 
 		 418 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.62 
 
 		 435 aa  263  6e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  39.85 
 
 		 393 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  40.97 
 
 		 412 aa  258  9e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  41.99 
 
 		 411 aa  258  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  43.61 
 
 		 404 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  40.36 
 
 		 371 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.68 
 
 		 377 aa  258  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  43.75 
 
 		 392 aa  256  5e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.66 
 
 		 420 aa  255  9e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.93 
 
 		 399 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  43.75 
 
 		 414 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  37.53 
 
 		 368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  37.81 
 
 		 365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.22 
 
 		 392 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  41.67 
 
 		 386 aa  252  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  41.64 
 
 		 409 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1624  RND efflux membrane fusion protein precursor  41.21 
 
 		 385 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.000143743  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18760  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  41.32 
 
 		 385 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0384088  normal  0.0956018 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  42.13 
 
 		 400 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  42.13 
 
 		 400 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  42.13 
 
 		 400 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  42.33 
 
 		 421 aa  249  7e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.43 
 
 		 391 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  41 
 
 		 396 aa  248  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  41.94 
 
 		 414 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  41.82 
 
 		 396 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  39.07 
 
 		 381 aa  247  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.07 
 
 		 381 aa  247  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  41.26 
 
 		 408 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  41.26 
 
 		 408 aa  246  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  41.26 
 
 		 408 aa  246  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  39.44 
 
 		 399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.1 
 
 		 408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>