More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2833 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02292  tryptophan synthase subunit beta  88.46 
 
 		 393 aa  717    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2833  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 395 aa  809    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2255  tryptophan synthase subunit beta  75.77 
 
 		 403 aa  629  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0836198 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2454  tryptophan synthase subunit beta  75.77 
 
 		 401 aa  624  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003084  tryptophan synthase beta chain  76.15 
 
 		 396 aa  616  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1425  tryptophan synthase subunit beta  76.17 
 
 		 403 aa  616  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2133  tryptophan synthase subunit beta  74.94 
 
 		 397 aa  615  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.31152  normal  0.733883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1586  tryptophan synthase subunit beta  75.58 
 
 		 409 aa  615  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3023  tryptophan synthase subunit beta  74.55 
 
 		 396 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1458  tryptophan synthase subunit beta  74.81 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1524  tryptophan synthase subunit beta  74.81 
 
 		 396 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0500753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1516  tryptophan synthase subunit beta  74.81 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474539 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02762  tryptophan synthase subunit beta  75.64 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1150  tryptophan synthase subunit beta  75.38 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2805  tryptophan synthase subunit beta  73.78 
 
 		 396 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2726  tryptophan synthase subunit beta  73.78 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.93556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1660  tryptophan synthase subunit beta  73.78 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2407  tryptophan synthase subunit beta  73.78 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1936  tryptophan synthase subunit beta  74.87 
 
 		 396 aa  607  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2916  tryptophan synthase subunit beta  74.29 
 
 		 407 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.511307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2705  tryptophan synthase subunit beta  73.52 
 
 		 396 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0792  tryptophan synthase subunit beta  74.1 
 
 		 396 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00347207  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3526  tryptophan synthase subunit beta  74.87 
 
 		 420 aa  601  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2316  tryptophan synthase subunit beta  74.62 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2046  tryptophan synthase subunit beta  74.62 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1682  tryptophan synthase subunit beta  73.52 
 
 		 407 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1936  tryptophan synthase subunit beta  74.62 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2321  tryptophan synthase subunit beta  74.62 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2176  tryptophan synthase subunit beta  74.36 
 
 		 396 aa  599  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2207  tryptophan synthase subunit beta  73.9 
 
 		 397 aa  597  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.823385  normal  0.0123051 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2671  tryptophan synthase subunit beta  73.33 
 
 		 396 aa  597  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253614 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2003  tryptophan synthase subunit beta  73.08 
 
 		 396 aa  597  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2302  tryptophan synthase subunit beta  73.08 
 
 		 396 aa  594  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2387  tryptophan synthase, beta subunit  72.61 
 
 		 397 aa  584  1e-166  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.532965  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1420  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1853  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0734118 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1370  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  584  1e-166  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1460  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  584  1e-166  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00292681  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2366  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  584  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1916  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000988826 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1602  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0886138 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1893  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  584  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.964383  hitchhiker  0.00187983 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1858  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.389614 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01235  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1486  tryptophan synthase subunit beta  72.35 
 
 		 397 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01245  hypothetical protein  72.61 
 
 		 397 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1871  tryptophan synthase subunit beta  72.61 
 
 		 397 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000282354 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1056  tryptophan synthase subunit beta  69.67 
 
 		 395 aa  548  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  61.4 
 
 		 394 aa  509  1e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0591  tryptophan synthase subunit beta  60.62 
 
 		 394 aa  505  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.283769  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1656  tryptophan synthase subunit beta  60.1 
 
 		 394 aa  503  1e-141  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.483015  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  59.33 
 
 		 394 aa  491  9.999999999999999e-139  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0215  tryptophan synthase subunit beta  59.9 
 
 		 391 aa  488  1e-137  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1120  tryptophan synthase subunit beta  58.91 
 
 		 389 aa  482  1e-135  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5701  tryptophan synthase subunit beta  61.98 
 
 		 411 aa  483  1e-135  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.194969  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28100  tryptophan synthase subunit beta  62.33 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.54821  normal  0.926175 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2859  tryptophan synthase, beta subunit  60.71 
 
 		 391 aa  471  1e-132  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4373  tryptophan synthase subunit beta  60.79 
 
 		 399 aa  473  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1911  tryptophan synthase subunit beta  57.4 
 
 		 413 aa  472  1e-132  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.124597 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2143  tryptophan synthase subunit beta  60.21 
 
 		 420 aa  474  1e-132  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0206171  normal  0.237473 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  56.81 
 
 		 409 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1683  tryptophan synthase subunit beta  58.91 
 
 		 442 aa  468  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000190343 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1688  tryptophan synthase subunit beta  59.95 
 
 		 443 aa  468  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.998465  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 411 aa  471  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1412  tryptophan synthase subunit beta  59.18 
 
 		 394 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00140909  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1216  tryptophan synthase subunit beta  59.84 
 
 		 414 aa  467  9.999999999999999e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.268288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0755  tryptophan synthase subunit beta  58.22 
 
 		 414 aa  468  9.999999999999999e-131  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2511  tryptophan synthase subunit beta  57.65 
 
 		 413 aa  467  9.999999999999999e-131  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3218  tryptophan synthase subunit beta  55.73 
 
 		 394 aa  462  1e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1165  tryptophan synthase subunit beta  59.38 
 
 		 412 aa  462  1e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1337  tryptophan synthase subunit beta  59.13 
 
 		 401 aa  463  1e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130625  normal  0.877655 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3216  tryptophan synthase, beta subunit  59.38 
 
 		 449 aa  461  1e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1864  tryptophan synthase subunit beta  56.44 
 
 		 391 aa  464  1e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1074  tryptophan synthase subunit beta  59.57 
 
 		 425 aa  461  1e-129  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.32093  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2688  tryptophan synthase subunit beta  57.66 
 
 		 408 aa  462  1e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1451  tryptophan synthase subunit beta  61.8 
 
 		 414 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  57.36 
 
 		 406 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3622  tryptophan synthase subunit beta  56.71 
 
 		 426 aa  459  9.999999999999999e-129  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3171  tryptophan synthase subunit beta  60.95 
 
 		 410 aa  458  9.999999999999999e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0223  tryptophan synthase subunit beta  58.01 
 
 		 388 aa  459  9.999999999999999e-129  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4724  tryptophan synthase subunit beta  56.7 
 
 		 411 aa  459  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.319994 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3701  tryptophan synthase subunit beta  59.48 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142022 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10970  tryptophan synthase subunit beta  56.57 
 
 		 441 aa  458  9.999999999999999e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0274745  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2272  tryptophan synthase subunit beta  56.88 
 
 		 413 aa  458  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0535171 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0076  tryptophan synthase subunit beta  58.7 
 
 		 390 aa  459  9.999999999999999e-129  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2220  tryptophan synthase subunit beta  58.4 
 
 		 431 aa  459  9.999999999999999e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  57.98 
 
 		 393 aa  461  9.999999999999999e-129  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0581  tryptophan synthase subunit beta  57.8 
 
 		 409 aa  460  9.999999999999999e-129  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2940  Tryptophan synthase  61.05 
 
 		 414 aa  459  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0140  tryptophan synthase subunit beta  58.96 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0222  tryptophan synthase subunit beta  57 
 
 		 399 aa  456  1e-127  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.580627  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  57.11 
 
 		 406 aa  454  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20740  tryptophan synthase, beta chain  59.84 
 
 		 415 aa  456  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.133254  normal  0.373248 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1749  tryptophan synthase subunit beta  54.59 
 
 		 413 aa  455  1e-127  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  57.85 
 
 		 389 aa  457  1e-127  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  57.85 
 
 		 389 aa  457  1e-127  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1790  tryptophan synthase subunit beta  57.18 
 
 		 391 aa  457  1e-127  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  57.11 
 
 		 404 aa  457  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2876  tryptophan synthase subunit beta  57.96 
 
 		 414 aa  455  1e-127  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3396  tryptophan synthase subunit beta  60.16 
 
 		 410 aa  455  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>