58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1856 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1856  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 294 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1889  hypothetical protein  62.76 
 
 		 296 aa  401  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2256  hypothetical protein  67.9 
 
 		 299 aa  403  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.322648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3087  extracellular solute-binding protein  45.88 
 
 		 291 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3127  extracellular solute-binding protein  46.24 
 
 		 291 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146879  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2676  periplasmic binding protein, putative  45.88 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.322875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1959  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 		 290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369484  normal  0.268176 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2662  hypothetical protein  34.47 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.711055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0692  extracellular solute-binding protein  35.6 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0808648  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1338  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.718628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1539  extracellular solute-binding protein family 3  29.63 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4872  extracellular solute-binding protein family 3  30.32 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2410  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.709389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3623  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.175037  normal  0.0350422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2090  extracellular solute-binding protein family 3  31.72 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.727892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2815  extracellular solute-binding protein family 3  29.85 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1002  hypothetical protein  30.34 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2484  extracellular solute-binding protein family 3  31.32 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6250  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1788  periplasmic binding protein, putative  29.41 
 
 		 284 aa  112  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000915129 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0481  periplasmic binding protein, putative  30.57 
 
 		 276 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476317 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2731  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 338 aa  106  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.476445  normal  0.605201 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1776  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0737  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.390788  normal  0.0887326 
 
 
-
 
NC_002620  TC0660  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.83 
 
 		 259 aa  52.8  0.000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  21.61 
 
 		 277 aa  52.4  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 279 aa  47.8  0.0002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  40 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  19.08 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  22.63 
 
 		 285 aa  47  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  21.95 
 
 		 276 aa  46.2  0.0006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 		 253 aa  46.2  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2802  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.602775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  19.07 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0578  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.91 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3134  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 267 aa  45.4  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 266 aa  44.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  38.98 
 
 		 270 aa  44.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  35.53 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  31.09 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  36.92 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2829  extracellular solute-binding protein family 3  23.79 
 
 		 266 aa  43.9  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479003 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 271 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  20.47 
 
 		 271 aa  43.5  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  21.18 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.38 
 
 		 281 aa  43.1  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  33.87 
 
 		 247 aa  42.7  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0378  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 294 aa  42.7  0.007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.150141  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  38.6 
 
 		 252 aa  42.7  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 275 aa  42.4  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1025  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 281 aa  42.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  33.73 
 
 		 268 aa  42.4  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  17.24 
 
 		 282 aa  42.4  0.01  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>