More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1372 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1372  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.465511  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0815  transcriptional regulator, LysR family protein  56.75 
 
 		 299 aa  350  1e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4921  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51.9 
 
 		 291 aa  316  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  175  9e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.29 
 
 		 288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0813  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.909105  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 293 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  158  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.21 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 328 aa  155  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  31.79 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.67 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  30.88 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 322 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.4 
 
 		 289 aa  148  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  35.06 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 291 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  30.43 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 399 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  28.93 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.75 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 327 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 300 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 327 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>