More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0409 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4949  TldD/PmbA family protein  79.17 
 
 		 512 aa  802    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.906043  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0409  TldD/PmbA family protein  100 
 
 		 480 aa  986    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4767  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  94.17 
 
 		 480 aa  906    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39820  modulator of DNA gyrase  68.33 
 
 		 481 aa  647    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.356312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5245  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  79.79 
 
 		 480 aa  803    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.413306  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2707  hypothetical protein  71.82 
 
 		 477 aa  691    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.161741  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0516  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  75.62 
 
 		 480 aa  771    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134826  normal  0.446372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4998  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  78.75 
 
 		 480 aa  794    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0749  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  68.54 
 
 		 480 aa  671    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4822  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  78.33 
 
 		 480 aa  794    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.466892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31850  hypothetical protein  71.88 
 
 		 477 aa  691    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4997  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.47 
 
 		 483 aa  548  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2989  putative Zn-dependent protease, modulator of DNA gyrase, TldD  58.02 
 
 		 478 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1452  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.81 
 
 		 478 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0382327  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2066  TldD/PmbA family protein  58.62 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1375  TldD/PmbA family protein  58.62 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3243  TldD/PmbA family protein  58.62 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.270124  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1459  TldD/PmbA family protein  58.62 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3128  TldD/PmbA family protein  58.62 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2360  TldD/PmbA family protein  58.62 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1095  TldD/PmbA family protein  58.62 
 
 		 477 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1428  TldD family protein  52.75 
 
 		 489 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2558  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.79 
 
 		 478 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.642286  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4163  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  46.44 
 
 		 479 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.445951 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4123  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  46.44 
 
 		 479 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3719  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  43.91 
 
 		 478 aa  393  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2406  TldD/PmbA family protein  45.8 
 
 		 488 aa  389  1e-107  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.410379  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3705  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  46.19 
 
 		 478 aa  391  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0755  TldD/PmbA family protein  51.28 
 
 		 430 aa  374  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44281  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0186  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  34.77 
 
 		 477 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6029  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.53 
 
 		 479 aa  263  6.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4147  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  39.94 
 
 		 478 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.511407  normal  0.0118957 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3765  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  42.11 
 
 		 478 aa  253  5.000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0063  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  36.02 
 
 		 484 aa  248  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3767  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  33.91 
 
 		 488 aa  241  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5939  twin-arginine translocation pathway signal  32.65 
 
 		 499 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.161214  decreased coverage  0.000467819 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4913  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  32.22 
 
 		 504 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1327  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  33.73 
 
 		 495 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1942  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.84 
 
 		 498 aa  192  9e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.502134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3492  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.13 
 
 		 505 aa  192  9e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.24297 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3429  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.13 
 
 		 505 aa  192  9e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3440  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  32.78 
 
 		 505 aa  192  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0749759 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2732  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  33.33 
 
 		 504 aa  189  7e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.140358 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5318  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.32 
 
 		 517 aa  189  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3804  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.53 
 
 		 504 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.495254 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1149  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.64 
 
 		 505 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.204851 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2703  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.85 
 
 		 514 aa  182  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0658462  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12338  hypothetical protein  30.4 
 
 		 505 aa  181  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2276  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.22 
 
 		 503 aa  179  7e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000218156  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2188  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.97 
 
 		 507 aa  179  7e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0732335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2300  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.78 
 
 		 503 aa  178  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1335  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.06 
 
 		 552 aa  177  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0391206 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1233  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.19 
 
 		 454 aa  177  3e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0289  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.52 
 
 		 523 aa  176  7e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2715  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.08 
 
 		 529 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.215491 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1368  hypothetical protein  33.24 
 
 		 513 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2099  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.57 
 
 		 547 aa  171  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4319  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  37.35 
 
 		 522 aa  169  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.984944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3490  twin-arginine translocation pathway signal  27.42 
 
 		 542 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0090  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.32 
 
 		 544 aa  166  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.42092  normal  0.0324493 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0091  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.43 
 
 		 543 aa  163  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.196627  normal  0.0324493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2097  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.11 
 
 		 528 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.104758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1973  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.48 
 
 		 475 aa  156  8e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.684212 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1332  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.25 
 
 		 546 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.357045  normal  0.0644884 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0995  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.45 
 
 		 458 aa  152  1e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355194  normal  0.0718594 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0168  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.18 
 
 		 481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.59064  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1055  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.35 
 
 		 473 aa  142  9e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0312  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  28.88 
 
 		 457 aa  139  7.999999999999999e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1902  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  33.46 
 
 		 457 aa  134  5e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0403  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.91 
 
 		 459 aa  132  2.0000000000000002e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2121  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.48 
 
 		 458 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3701  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  25.05 
 
 		 460 aa  113  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0732  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.91 
 
 		 458 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.285912 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2720  microcin-processing peptidase 2  26.26 
 
 		 460 aa  108  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2721  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.52 
 
 		 460 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0557  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.06 
 
 		 474 aa  107  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1186  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  22.37 
 
 		 458 aa  107  6e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1519  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.52 
 
 		 460 aa  106  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000701587 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0797  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.35 
 
 		 458 aa  104  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1032  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  25.35 
 
 		 483 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.608632  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0089  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  21.92 
 
 		 458 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0465  tldD protein, putative  29.96 
 
 		 470 aa  100  6e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.902755  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0579  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.57 
 
 		 470 aa  99.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1542  microcin-processing peptidase 2  24.15 
 
 		 467 aa  99.4  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0708612 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0596  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  26.08 
 
 		 437 aa  99  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.766267  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0977  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.95 
 
 		 444 aa  97.8  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00101033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0505  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30 
 
 		 471 aa  97.4  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.279079  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0896  tldD protein  28.4 
 
 		 460 aa  95.9  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0420634  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0470  putative tldD protein  29.59 
 
 		 470 aa  96.3  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0881  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  23.96 
 
 		 443 aa  95.5  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0552  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  24.39 
 
 		 454 aa  93.6  7e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0503  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  23.77 
 
 		 458 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0499899  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1015  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  23.72 
 
 		 450 aa  92.4  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00168617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_468  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  24.02 
 
 		 461 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0527  TldD/PmbA family protein  23.77 
 
 		 458 aa  92.4  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0542  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  24.26 
 
 		 475 aa  92.4  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2698  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.05 
 
 		 476 aa  91.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.504739 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0778  hypothetical protein  24.63 
 
 		 445 aa  89.4  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.111344  unclonable  0.000000000000258626 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0599  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.84 
 
 		 471 aa  89.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0473  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  26.25 
 
 		 473 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>