52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3924 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1911  sterol-binding domain-containing protein  100 
 
 		 105 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272988  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3924  sterol-binding domain protein  100 
 
 		 105 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0884325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3213  sterol-binding domain-containing protein  97.14 
 
 		 105 aa  210  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.533818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3558  sterol-binding domain-containing protein  95.24 
 
 		 105 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.336208  normal  0.355565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3116  sterol-binding  92.38 
 
 		 105 aa  202  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.234067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2458  sterol-binding  88.46 
 
 		 105 aa  193  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0333182  normal  0.0363969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2725  SCP-2 sterol transfer family protein  87.5 
 
 		 105 aa  193  9e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2532  sterol-binding domain-containing protein  75.49 
 
 		 103 aa  157  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0766724  normal  0.1396 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40860  hypothetical protein  71.15 
 
 		 104 aa  150  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3466  hypothetical protein  71.15 
 
 		 104 aa  150  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.649616  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27580  Sterol-binding protein  63.46 
 
 		 104 aa  138  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1531  sterol-binding domain-containing protein  62.38 
 
 		 104 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00600993  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1939  sterol-binding  50.96 
 
 		 105 aa  113  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.530915  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1572  sterol-binding domain-containing protein  44.23 
 
 		 104 aa  94.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246813  hitchhiker  0.000825534 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0141  Sterol-binding domain protein  48.24 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0733  Sterol-binding domain protein  36.11 
 
 		 116 aa  72.8  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2198  Sterol-binding domain protein  34.95 
 
 		 110 aa  72  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1523  sterol-binding domain-containing protein  37.62 
 
 		 112 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0540458 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3405  hypothetical protein  37.37 
 
 		 115 aa  67  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.952914  normal  0.525211 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 913 aa  61.2  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 710 aa  60.1  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3088  Sterol-binding domain protein  40.48 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.54712 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1531  sterol-binding domain-containing protein  29.91 
 
 		 111 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.642179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2459  sterol-binding protein  31.37 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.676777  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0571  sterol-binding  34 
 
 		 104 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00913104  hitchhiker  0.00000396662 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2343  putative sterol carrier protein  30.53 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.606511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0663  beta-lactamase-like protein  32.1 
 
 		 667 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0781  sterol-binding domain protein  31.25 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276166  normal  0.045948 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1369  beta-lactamase domain-containing protein  27.16 
 
 		 595 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.923314  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1608  hypothetical protein  30.56 
 
 		 131 aa  47  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0137  sterol-binding domain-containing protein  26.53 
 
 		 150 aa  46.2  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1002  sterol-binding domain-containing protein  30.77 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0143  sterol-binding domain-containing protein  26.53 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.110171  decreased coverage  0.0000248953 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1772  sterol-binding domain-containing protein  28.21 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6473  Sterol-binding domain protein  29.21 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1526  Sterol-binding domain protein  29.47 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1621  Sterol-binding domain protein  29.47 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0522723  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4826  sterol-binding domain-containing protein  29.29 
 
 		 157 aa  45.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0785  hypothetical protein  34.07 
 
 		 129 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.251796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6978  hypothetical protein  25 
 
 		 212 aa  44.7  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.664684  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25410  JmjC-domain protein  29.55 
 
 		 375 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1743  hypothetical protein  48.08 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0765489 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0774  beta-lactamase domain-containing protein  27.55 
 
 		 677 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0779  hypothetical protein  32.97 
 
 		 129 aa  43.5  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1830  sterol-binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.955664  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3313  sterol-binding  37.29 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00254715  normal  0.0577925 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0558  sterol-binding domain-containing protein  25.74 
 
 		 149 aa  42  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184806 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2880  sterol-binding  40.43 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.933965 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0043  hypothetical protein  26.53 
 
 		 334 aa  40.8  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0701676  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1947  transcriptional regulator, HxlR family  29.76 
 
 		 219 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.450036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  30 
 
 		 1290 aa  40.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5415  putative alkyl sulfatase  35 
 
 		 662 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297499 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>