More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2829 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2829  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 452 aa  904    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2953  GntR family transcriptional regulator  83.04 
 
 		 450 aa  706    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0756027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2860  GntR family transcriptional regulator  97.78 
 
 		 451 aa  839    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2975  GntR family transcriptional regulator  53.76 
 
 		 448 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23319  normal  0.0575809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2910  regulatory protein, GntR  37.9 
 
 		 468 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.779971  normal  0.0177788 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1831  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 482 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2669  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 476 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3037  transcriptional regulator, putative  36.19 
 
 		 468 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00850156  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003147  GntR-family regulatory protein  26.06 
 
 		 468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00323958  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01894  hypothetical protein  25.11 
 
 		 463 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3726  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.7 
 
 		 479 aa  109  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2450  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 469 aa  104  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00121397  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6695  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  20.51 
 
 		 461 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.780061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3876  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.52 
 
 		 476 aa  100  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4568  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 470 aa  100  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3723  transcriptional regulator  24.28 
 
 		 470 aa  99.8  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0230  transcriptional regulator GntR  25 
 
 		 473 aa  99  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5531  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 473 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.433178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0096  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I  26.22 
 
 		 473 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3253  putative transcriptional regulator  25.85 
 
 		 474 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0471959  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38250  putative transcriptional regulator  26.23 
 
 		 474 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5327  transcriptional regulator  26.01 
 
 		 496 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898471  normal  0.06298 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3836  GntR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 474 aa  97.1  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5854  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, classes I and II  23.61 
 
 		 470 aa  96.7  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.491083 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5185  GntR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 496 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411857 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0240  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 473 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2175  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.4 
 
 		 498 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4761  aminotransferase, classes I and II superfamily  23.43 
 
 		 471 aa  96.3  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4886  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 470 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.344602  normal  0.838171 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3656  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  23.61 
 
 		 470 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5275  GntR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 496 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.187277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3396  GntR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 473 aa  93.6  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.644089  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4612  aminotransferase  22.29 
 
 		 480 aa  93.2  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4449  GntR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 521 aa  93.2  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000599789 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0195  transcriptional regulator  25.43 
 
 		 476 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344664  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1939  transcriptional regulator  22.37 
 
 		 476 aa  92  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0234327  normal  0.0215976 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 473 aa  91.3  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1440  transcriptional regulator  25.46 
 
 		 482 aa  91.3  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1450  GntR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 504 aa  90.9  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00080879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1599  GntR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 475 aa  90.9  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0157  GntR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 477 aa  90.9  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00565529  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0766  GntR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 473 aa  90.5  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2122  GntR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 473 aa  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1126  GntR family transcriptional regulator  24 
 
 		 475 aa  89.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6190  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.26 
 
 		 475 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4810  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.01 
 
 		 474 aa  89.7  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0244404  hitchhiker  0.0000000000137556 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2931  GntR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 500 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.99384 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0494  GntR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 471 aa  89  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4479  GntR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 477 aa  88.6  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2454  transcriptional regulator  27.12 
 
 		 481 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0803  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  22.97 
 
 		 480 aa  87.8  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.284256  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1184  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  20.38 
 
 		 479 aa  87.4  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  23.77 
 
 		 492 aa  87  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2446  GntR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 489 aa  87  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0965  GntR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 470 aa  87  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1487  GntR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 477 aa  86.7  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539495  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0214  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  22.46 
 
 		 478 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0367  GntR family transcriptional regulator  21 
 
 		 473 aa  86.3  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3949  GntR family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 473 aa  86.3  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.905833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1421  GntR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 532 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.694482  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3572  transcriptional regulator  24.46 
 
 		 470 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.529399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3375  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  23.87 
 
 		 470 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4094  GntR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 479 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541503  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4744  transcriptional regulator  22.36 
 
 		 475 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0066637  normal  0.499437 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0209  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  22.46 
 
 		 474 aa  85.5  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0931  GntR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 479 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0018  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 478 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.422778  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2044  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, classes I and II  25.1 
 
 		 468 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00402201  hitchhiker  0.0000000000000583102 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1972  GntR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 470 aa  84  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0910  GntR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 474 aa  84  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1930  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  23.19 
 
 		 498 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1716  aminotransferase, classes I and II superfamily  25.34 
 
 		 474 aa  84  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1743  aminotransferase  25.34 
 
 		 474 aa  83.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.455944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3448  GntR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 470 aa  84  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0915  GntR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 470 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1778  aminotransferase, classes I and II superfamily  25.34 
 
 		 474 aa  83.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3939  GntR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 482 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1713  aminotransferase, classes I and II superfamily  25.34 
 
 		 474 aa  83.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1562  aminotransferase, classes I and II superfamily  25.34 
 
 		 474 aa  83.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.85 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.892437  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4066  transcriptional regulator  25.24 
 
 		 478 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.974396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6904  transcriptional regulator  25 
 
 		 483 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3543  transcriptional regulator  25.06 
 
 		 479 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.735344  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01396  fused predicted DNA-binding transcriptional regulator/predicted amino transferase  24.9 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2207  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.9 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2642  GntR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 496 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2220  transcriptional regulator  24.9 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.94237 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01407  hypothetical protein  24.9 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1618  GntR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3154  GntR family transcriptional regulator  21.44 
 
 		 469 aa  82  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2096  GntR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 471 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698776  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1337  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.61 
 
 		 487 aa  82  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1523  GntR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 468 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2148  GntR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 498 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1471  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.34 
 
 		 472 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.352994  normal  0.0159158 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0929  GntR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 470 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.892808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1735  GntR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 468 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.453488  hitchhiker  0.0000000000634797 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000386  transcriptional regulator GntR family  23.2 
 
 		 471 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.882947  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2129  GntR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 469 aa  80.5  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.98832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26590  GntR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 479 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.079349  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>