More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3381 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3381  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  594  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  62.24 
 
 		 303 aa  378  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3271  LysR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045725 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3502  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0949  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 292 aa  244  8e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.634879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0639  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 296 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.87643  normal  0.130782 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 291 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  24.01 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1657  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2226  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539476  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0604  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0706  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1928  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1721  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2631  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2309  transcriptional regulator  26.62 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.44 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 283 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  33.56 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  24.33 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0736  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0982  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2974  chromosome replication initiation inhibitor protein  29.21 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0050  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4269  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0053  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 307 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  29.13 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3048  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2384  transcriptional regulator, ArgP, LysR family  26.67 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6026  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.306271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>