More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1001 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1001  PfkB domain protein  100 
 
 		 325 aa  657    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3309  PfkB domain protein  89.54 
 
 		 325 aa  597  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2236  PfkB family kinase  69.23 
 
 		 321 aa  463  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3080  kinase, PfkB family  69.54 
 
 		 321 aa  464  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0595039 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2488  PfkB family kinase  70.32 
 
 		 321 aa  447  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2287  kinase, PfkB family  70.32 
 
 		 321 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0963  PfkB family kinase  69.54 
 
 		 321 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.964628 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2389  PfkB family kinase  69.54 
 
 		 321 aa  447  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2331  kinase PfkB family  70.32 
 
 		 321 aa  447  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.194167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2376  kinase, PfkB family  70.65 
 
 		 321 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.15593  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02028  predicted kinase  68.92 
 
 		 321 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01992  hypothetical protein  68.92 
 
 		 321 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2380  kinase, PfkB family  70.32 
 
 		 321 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.511168  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1557  PfkB domain protein  68.62 
 
 		 321 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232611  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1137  kinase, PfkB family  67.38 
 
 		 316 aa  430  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.231812  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3608  PfkB domain protein  39.87 
 
 		 312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0159  ribokinase-like domain-containing protein  33.11 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1470  ribokinase family sugar kinase  31.14 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0475498  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2216  ribokinase, putative  30.2 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.442783  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0188  PfkB domain protein  32.86 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.32967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2287  PfkB domain protein  33 
 
 		 313 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06080  sugar kinase, ribokinase  33 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15170  sugar kinase, ribokinase  28.1 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.295543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2923  carbohydrate kinase, PfkB  31.23 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18020  sugar kinase, ribokinase  30.45 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.503416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0290  kinase, PfkB family  25.72 
 
 		 374 aa  95.9  9e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3478  PfkB domain protein  29.1 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4135  PfkB  30.03 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0867142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08200  sugar kinase, ribokinase  28.09 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.650554 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1089  ribokinase family sugar kinase  25.17 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0219735  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1084  PfkB domain protein  26.64 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1113  PfkB domain protein  26.64 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.941643 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0005  ribokinase, putative  29.58 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0831175  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4447  ribokinase  28 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1649  ribokinase-like domain-containing protein  29.32 
 
 		 308 aa  72.4  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0416676  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  25.4 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3284  ribokinase-like domain-containing protein  26.14 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000189129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7479  ribokinase  27.45 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1653  1-phosphofructokinase  28.67 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000747305  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  21.9 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4798  ribokinase-like domain-containing protein  27.5 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.28126  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02097  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00508947  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1490  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119891  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1617  hypothetical protein  24.92 
 
 		 628 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1480  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00345053  unclonable  0.000000014871 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2315  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000477642  hitchhiker  0.000599069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2305  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269227  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0795  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000412726  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02056  hypothetical protein  29.27 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  26.89 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3304  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000243379  normal  0.0139965 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  24.08 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2444  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00105747  normal  0.37193 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2555  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0672567  hitchhiker  0.000484792 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2764  PfkB  27.14 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.040802  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2441  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.151265  hitchhiker  0.00000493552 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2397  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.296088  hitchhiker  0.000165824 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2353  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000249505  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4553  ribokinase-like domain-containing protein  27.36 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1925  1-phosphofructokinase  28.67 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0601047  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1142  PfkB  23.95 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0676537  normal  0.093061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3707  ribokinase-like domain-containing protein  25.45 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.973516 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1622  hypothetical protein  21.63 
 
 		 628 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2425  1-phosphofructokinase  27.71 
 
 		 312 aa  62  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2903  cytidine kinase / inosine-guanosine kinase  23.43 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.859362  hitchhiker  0.00094244 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2465  1-phosphofructokinase  28.86 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000474355  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0502  2-dehydro-3-deoxygluconokinase  28.04 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2328  1-phosphofructokinase  27.97 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1639  ribokinase-like domain-containing protein  28.92 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.487738  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0300  ribokinase family sugar kinase  25.5 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.750208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  23.64 
 
 		 398 aa  60.8  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2762  1-phosphofructokinase  27.35 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2763  1-phosphofructokinase  28.86 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0176318  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2872  PfkB  27.84 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.626247 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1626  PfkB domain protein  29.6 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.124685  normal  0.814532 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1525  1-phosphofructokinase  28.86 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0144942  normal  0.0682972 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2682  1-phosphofructokinase  28.86 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000785688  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5700  PfkB domain protein  22.78 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.738338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1580  ribokinase-like domain-containing protein  27.17 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0863941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4018  PfkB domain protein  21.65 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00301504  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0151  PfkB  26.94 
 
 		 331 aa  59.3  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0616  PfkB domain protein  24.92 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246916  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  24.01 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0530  fructokinase  24.92 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3378  PfkB domain protein  42.35 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0607501 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0819  cell division protein FtsA  28.04 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000392808  normal  0.759534 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3532  ribokinase-like domain-containing protein  27.64 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.321565  normal  0.851243 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19960  PfkB domain protein  23.43 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1260  PfkB domain protein  27.64 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07411  carbohydrate kinase  26.74 
 
 		 342 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3229  1-phosphofructokinase  29.27 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000483919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2720  PfkB domain protein  24.18 
 
 		 313 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2252  carbohydrate kinase; myo-inositol catabolism protein  25.85 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.608064  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0300  myo-inositol catabolism protein  25.23 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1755  PfkB domain protein  26.73 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35340  putative 2-ketogluconate kinase  43.02 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00857937  normal  0.115887 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0329  ribokinase-like domain-containing protein  24.04 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.810022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2380  ribokinase-like domain-containing protein  42.35 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2067  ribokinase-like domain-containing protein  28.72 
 
 		 324 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0314864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2979  putative 2-ketogluconate kinase  47.22 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.441094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>