More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0119 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0119  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 		 252 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0113  transcriptional regulator, DeoR family  96.83 
 
 		 253 aa  495  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  72 
 
 		 254 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2145  DeoR family transcriptional regulator  73.41 
 
 		 256 aa  387  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2128  DeoR family transcriptional regulator  73.41 
 
 		 256 aa  387  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0175603 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2255  DeoR family transcriptional regulator  73.41 
 
 		 256 aa  387  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 255 aa  326  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  62.7 
 
 		 255 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 255 aa  326  3e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 255 aa  326  3e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  62.7 
 
 		 255 aa  325  6e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  62.3 
 
 		 265 aa  324  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  62.3 
 
 		 265 aa  324  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3108  DeoR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 254 aa  321  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3124  DeoR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 254 aa  321  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0605743 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3069  transcriptional regulator, DeoR family  60.71 
 
 		 254 aa  321  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3228  DeoR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 254 aa  320  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3040  transcriptional regulator, DeoR family  60.71 
 
 		 254 aa  320  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0011  sugar metabolism transcriptional regulator  52.38 
 
 		 252 aa  285  5.999999999999999e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0131  DeoR family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 263 aa  274  9e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0146  DeoR family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 263 aa  274  9e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2548  DeoR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 252 aa  260  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00992878 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0103  HTH-type transcriptional regulator, DeoR-family  49.6 
 
 		 251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04749  transcriptional regulator  50.23 
 
 		 221 aa  219  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0907  DeoR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 274 aa  205  6e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0778  transcriptional regulator, DeoR family  46 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.532407  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0362  transcriptional regulator, DeoR family  41.5 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4814  regulatory protein, DeoR  41.9 
 
 		 274 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1460  DeoR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.585922  normal  0.541781 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2746  DeoR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.437292  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2824  DeoR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2335  transcriptional regulator, DeoR family  41.53 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0880169  normal  0.102966 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3732  transcriptional regulator, DeoR family  39.53 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02996  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0574  transcriptional regulator, DeoR family  33.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3428  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3321  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0569  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02947  hypothetical protein  33.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4445  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.6 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3611  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.6 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.02 
 
 		 269 aa  148  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.557659 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  36.6 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3701  transcriptional regulator, DeoR family  39.13 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3534  transcriptional regulator, DeoR family  37.82 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0650  transcriptional regulator, DeoR family  36.97 
 
 		 276 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0922  DeoR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.519346  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0750  DeoR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 259 aa  139  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.6006 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  33.73 
 
 		 257 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3115  DeoR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  138  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.189997  hitchhiker  0.000781627 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  33.74 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0096  DeoR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12978 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.8 
 
 		 269 aa  135  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0196  DeoR-family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 255 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.841984  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0693  transcriptional regulator, DeoR family  36.09 
 
 		 269 aa  135  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0180  DeoR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 255 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.214924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0183  DeoR-family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 255 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.341023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0179  DeoR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 255 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0188  DeoR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 255 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.333156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  33.86 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0312  DeoR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 264 aa  132  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.812153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 260 aa  132  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  31.2 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  30.31 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0618  transcriptional regulator, DeoR family  35.41 
 
 		 266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3222  DeoR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4225  transcriptional regulator, DeoR family  32.68 
 
 		 253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.320526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  35.34 
 
 		 266 aa  125  5e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5344  transcriptional regulator, DeoR family  34 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 267 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  34.39 
 
 		 256 aa  123  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 261 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 261 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  29.27 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  32.94 
 
 		 267 aa  122  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5727  DeoR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354415 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 254 aa  120  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1140  galactitol utilization operon repressor  29.92 
 
 		 263 aa  120  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.556636  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0603  DeoR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 254 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1059  transcriptional regulator, DeoR family  33.07 
 
 		 253 aa  120  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5410  DeoR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.378654  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0882  transcriptional regulator, DeoR family  31.45 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.262564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5292  DeoR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.358766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0477  DeoR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.979079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2235  DeoR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 259 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.859699  normal  0.0514044 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0940  putative DEOR-type transcriptional regulator  30.98 
 
 		 275 aa  119  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000268196  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0590  transcriptional regulator, DeoR family  32.58 
 
 		 247 aa  119  3e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5428  DeoR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 258 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  31.35 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0720  DeoR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.528248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03226  hypothetical protein  30.4 
 
 		 252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.347967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>