More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2674 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
216 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  70.17 
 
 
182 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.33 
 
 
199 aa  143  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.86 
 
 
202 aa  139  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  38.54 
 
 
275 aa  138  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.02 
 
 
247 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  36.73 
 
 
244 aa  134  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  40.8 
 
 
209 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  38.98 
 
 
245 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.38 
 
 
250 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  42.13 
 
 
205 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  41.04 
 
 
213 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.53 
 
 
187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  40.46 
 
 
211 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  40.46 
 
 
211 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  41.18 
 
 
213 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  42.94 
 
 
173 aa  124  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  42.42 
 
 
207 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  40.25 
 
 
213 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  40.25 
 
 
213 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.64 
 
 
184 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  39.63 
 
 
213 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  39.49 
 
 
240 aa  116  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
235 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
235 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
235 aa  115  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
235 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
235 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
235 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  40.91 
 
 
235 aa  115  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  41.46 
 
 
180 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  41.07 
 
 
180 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
208 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.01 
 
 
209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  36.78 
 
 
240 aa  109  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.69 
 
 
212 aa  109  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  36.56 
 
 
204 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.61 
 
 
204 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.97 
 
 
224 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1265  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.31 
 
 
235 aa  105  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.158608  normal  0.102911 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  35.56 
 
 
204 aa  105  6e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.95 
 
 
226 aa  104  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.82 
 
 
268 aa  103  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.66 
 
 
223 aa  103  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7737  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.41 
 
 
255 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2492  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.21 
 
 
270 aa  103  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.595064  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  38.18 
 
 
204 aa  103  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.06 
 
 
209 aa  102  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2651  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.03 
 
 
260 aa  102  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000224332  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.2 
 
 
211 aa  102  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.68 
 
 
209 aa  102  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3768  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.81 
 
 
269 aa  102  5e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.19863 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2384  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.5 
 
 
280 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.91 
 
 
211 aa  102  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1209  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.31 
 
 
270 aa  102  6e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  36.99 
 
 
216 aa  102  6e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.25 
 
 
191 aa  101  9e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  36.63 
 
 
217 aa  101  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.1 
 
 
209 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
201 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.38 
 
 
219 aa  100  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.21 
 
 
263 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.28 
 
 
199 aa  99.8  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.32 
 
 
256 aa  99  5e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.09 
 
 
209 aa  98.6  6e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.01 
 
 
212 aa  98.6  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  34.01 
 
 
238 aa  98.6  7e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.63 
 
 
250 aa  97.4  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.82 
 
 
201 aa  97.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  33.14 
 
 
217 aa  97.8  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0961  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
270 aa  97.4  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443199  normal  0.100351 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.36 
 
 
249 aa  96.7  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  36.75 
 
 
295 aa  97.4  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.09 
 
 
214 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.84 
 
 
214 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  36.84 
 
 
214 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
255 aa  95.1  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.61 
 
 
209 aa  95.1  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1212  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.81 
 
 
257 aa  94.4  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.078005 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  39.18 
 
 
187 aa  94.7  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
233 aa  94  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09490  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.72 
 
 
213 aa  94  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.198222  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
248 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
195 aa  92.8  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7983  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.94 
 
 
198 aa  92.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225021  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
237 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
237 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
237 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
201 aa  91.7  8e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
252 aa  91.7  8e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.5 
 
 
200 aa  91.3  9e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.56 
 
 
200 aa  90.9  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
192 aa  89.7  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3675  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.8 
 
 
226 aa  89.7  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000239341 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2772  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.86 
 
 
211 aa  89  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.17 
 
 
199 aa  88.6  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  35.53 
 
 
226 aa  88.2  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0867  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.28 
 
 
198 aa  87.4  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19450  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.17 
 
 
239 aa  87.4  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.880507  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
205 aa  87  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>