136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1913 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
349 aa  708    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  41.76 
 
 
348 aa  264  2e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  41.94 
 
 
349 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  37.75 
 
 
353 aa  240  2e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  37.9 
 
 
355 aa  165  9e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  38.55 
 
 
356 aa  164  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  33.85 
 
 
352 aa  162  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  39.02 
 
 
351 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.69 
 
 
351 aa  154  2e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.06 
 
 
356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  37.15 
 
 
355 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  35.74 
 
 
352 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  37.22 
 
 
359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  27.86 
 
 
354 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.24 
 
 
357 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.4 
 
 
357 aa  145  9e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  37.31 
 
 
341 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  33.47 
 
 
351 aa  142  6e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  37.4 
 
 
360 aa  142  7e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  39.2 
 
 
359 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  36.29 
 
 
349 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  39.5 
 
 
359 aa  138  1e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  36.23 
 
 
354 aa  138  1e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.72 
 
 
360 aa  138  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  37.16 
 
 
352 aa  138  1e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  29.39 
 
 
342 aa  138  2e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  39.8 
 
 
347 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  31.42 
 
 
338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  27.81 
 
 
358 aa  133  3.9999999999999996e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  30.82 
 
 
356 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.69 
 
 
350 aa  132  6.999999999999999e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  31.65 
 
 
351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.97 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  30.36 
 
 
342 aa  129  7.000000000000001e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  37.93 
 
 
353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  38.14 
 
 
353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  31.25 
 
 
342 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  35.58 
 
 
334 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  30.22 
 
 
403 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  35.29 
 
 
399 aa  116  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.12 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.36 
 
 
334 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  27.57 
 
 
379 aa  104  3e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1239  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  32.64 
 
 
334 aa  102  1e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  33.85 
 
 
397 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  29.76 
 
 
419 aa  100  3e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  31.84 
 
 
334 aa  100  5e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  30.73 
 
 
419 aa  99.8  6e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  29.22 
 
 
403 aa  96.3  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.56 
 
 
389 aa  94  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.09 
 
 
403 aa  92.8  8e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  30.73 
 
 
418 aa  91.7  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  36.84 
 
 
454 aa  89.7  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  34.55 
 
 
423 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  30.93 
 
 
459 aa  79  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  31.68 
 
 
451 aa  76.3  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4666  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.47 
 
 
360 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1386  3-dehydroquinate synthase  28.71 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.593428  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4570  glycerol dehydrogenase  25.84 
 
 
365 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  26.51 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  26.51 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1653  glycerol dehydrogenase  28.02 
 
 
398 aa  64.3  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218949  normal  0.875823 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4112  3-dehydroquinate synthase  26.56 
 
 
321 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1883  glycerol dehydrogenase  27.54 
 
 
371 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001639  glycerol dehydrogenase  27.35 
 
 
360 aa  62  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1840  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.43 
 
 
373 aa  59.3  0.00000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1690  glycerol dehydrogenase  25.41 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.386813  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4273  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.3 
 
 
368 aa  57  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.510478 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4859  glycerol dehydrogenase  27.43 
 
 
360 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3730  glycerol dehydrogenase  28.44 
 
 
369 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39990  glycerol dehydrogenase  27.96 
 
 
379 aa  56.2  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.284351  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3796  glycerol dehydrogenase  27.85 
 
 
369 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0209909  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3838  glycerol dehydrogenase  27.98 
 
 
369 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.200623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3899  glycerol dehydrogenase  27.98 
 
 
369 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.406608  normal  0.540531 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0464  Iron-containing alcohol dehydrogenase  38.71 
 
 
363 aa  52.8  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.392924  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1514  glycerol dehydrogenase-related protein  20.81 
 
 
329 aa  52  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000452231 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0333  glycerol dehydrogenase  24.89 
 
 
362 aa  52.4  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09901  putative glycerol dehydrogenase  25.63 
 
 
417 aa  52.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1396  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.64 
 
 
367 aa  52  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11781  putative glycerol dehydrogenase  21.08 
 
 
364 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0712  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.13 
 
 
363 aa  51.6  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1388  putative glycerol dehydrogenase  24.63 
 
 
366 aa  51.2  0.00003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.106406  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0094  glycerol dehydrogenase  23.23 
 
 
376 aa  51.2  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1794  iron-containing alcohol dehydrogenase  23.7 
 
 
367 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2706  iron-containing alcohol dehydrogenase  23.48 
 
 
366 aa  50.4  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0011  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.49 
 
 
381 aa  50.4  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556568  normal  0.0107863 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1046  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.83 
 
 
368 aa  49.7  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.251209  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1296  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.5 
 
 
339 aa  49.7  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.764657  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4031  glycerol dehydrogenase  23.72 
 
 
367 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1714  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.13 
 
 
362 aa  48.9  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.105051 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0498  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.12 
 
 
383 aa  49.3  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5406  glycerol dehydrogenase  22.41 
 
 
367 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4040  iron-containing alcohol dehydrogenase  22.41 
 
 
367 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2801  glycerol dehydrogenase  27.8 
 
 
395 aa  48.5  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1067  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.24 
 
 
364 aa  48.5  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000211882  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2634  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.46 
 
 
360 aa  48.1  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.453676  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4180  glycerol dehydrogenase  22.41 
 
 
367 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4485  glycerol dehydrogenase  22.41 
 
 
367 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4514  glycerol dehydrogenase  23.1 
 
 
367 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000391797 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03780  hypothetical protein  22.41 
 
 
367 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>