More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3905 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3905  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 243 aa  488  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3900  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.34 
 
 		 259 aa  308  4e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2105  two component transcriptional regulator  60.17 
 
 		 253 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  51.28 
 
 		 253 aa  239  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0328  two component transcriptional regulator  53.91 
 
 		 242 aa  236  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0159166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00241  VirG  52.52 
 
 		 258 aa  235  6e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4385  two-component response regulator VirG  49.57 
 
 		 241 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6145  two-component response regulator VirG  45.02 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 		 246 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 		 246 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8217  two-component response regulator VirG  45.89 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.206668  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  45.99 
 
 		 243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 246 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 246 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 		 246 aa  198  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 246 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  47.48 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.01 
 
 		 246 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.73 
 
 		 246 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 		 246 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0872  DNA-binding response regulator  42.8 
 
 		 244 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.359732  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2121  DNA-binding response regulator  42.8 
 
 		 245 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0885999  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0531  DNA-binding response regulator  42.8 
 
 		 245 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2023  DNA-binding response regulator  42.8 
 
 		 245 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485022  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0746  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 245 aa  194  9e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1669  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 245 aa  194  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.501573  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0602  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 245 aa  194  9e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0713  DNA-binding response regulator  42.98 
 
 		 245 aa  194  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.3 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.49 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  45.89 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  45.73 
 
 		 245 aa  192  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.78 
 
 		 241 aa  192  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  46.78 
 
 		 241 aa  192  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.75 
 
 		 263 aa  192  4e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.68 
 
 		 246 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  46.38 
 
 		 246 aa  191  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.98 
 
 		 256 aa  191  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.92 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 239 aa  189  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  44.77 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 246 aa  188  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  45.15 
 
 		 248 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 262 aa  188  7e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.88 
 
 		 239 aa  188  8e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 238 aa  186  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  44.73 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  45.96 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  46.98 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  44.08 
 
 		 247 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.44 
 
 		 247 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  42.68 
 
 		 245 aa  186  4e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  42.68 
 
 		 245 aa  185  5e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 240 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.41 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 242 aa  181  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.49 
 
 		 251 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  44.58 
 
 		 261 aa  181  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  41.38 
 
 		 236 aa  181  9.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 242 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  42.44 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  41.25 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  41.28 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  44.92 
 
 		 245 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 270 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 237 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  41.88 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.46 
 
 		 275 aa  178  7e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 240 aa  178  8e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 239 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 		 253 aa  177  9e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 		 248 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.19 
 
 		 240 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  43.27 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 240 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 253 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.68 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  44.96 
 
 		 240 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  44.92 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 246 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.25 
 
 		 234 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 246 aa  176  4e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>