More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1038 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1038  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 
544 aa  1014    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0466413 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1581  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  47.32 
 
 
563 aa  345  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1279  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.34 
 
 
565 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2661  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.18 
 
 
556 aa  213  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0999  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.34 
 
 
574 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1023  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.94 
 
 
555 aa  179  8e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057602  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01540  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  36.8 
 
 
587 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  32.55 
 
 
500 aa  131  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  31.76 
 
 
748 aa  125  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0811  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.07 
 
 
558 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.65371  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0281  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.67 
 
 
800 aa  109  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.305042  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0918  NADH dehydrogenase (quinone)  31.72 
 
 
559 aa  109  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01550  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  31.21 
 
 
505 aa  107  6e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1280  NADH dehydrogenase (quinone)  29.39 
 
 
499 aa  106  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3534  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.86 
 
 
532 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.336988 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  32.63 
 
 
637 aa  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0772  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.71 
 
 
496 aa  103  8e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.256181  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  30.38 
 
 
662 aa  101  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0891  NADH dehydrogenase (quinone)  30.29 
 
 
493 aa  100  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.158004  normal  0.070736 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.68 
 
 
538 aa  99.8  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0853  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  35.09 
 
 
504 aa  99.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.40907  hitchhiker  0.000181447 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0660  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  27.25 
 
 
800 aa  99  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0122576  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0744  NADH dehydrogenase (quinone)  30.36 
 
 
504 aa  99.4  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0645  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  27.25 
 
 
800 aa  99  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1252  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  31.91 
 
 
485 aa  97.8  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  29.86 
 
 
1253 aa  97.1  8e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0511  NADH ubiquinone/plastoquinone complex subunit, putative  32.38 
 
 
488 aa  96.3  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.43 
 
 
492 aa  96.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.76 
 
 
538 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  29.78 
 
 
1245 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.35 
 
 
538 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0714  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  32.96 
 
 
496 aa  95.5  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0167768  decreased coverage  0.000183119 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.58 
 
 
492 aa  95.5  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  31.4 
 
 
1264 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  28.84 
 
 
673 aa  94.7  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4494  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  32.34 
 
 
496 aa  94.7  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.704587  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  30.56 
 
 
748 aa  94.4  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5214  NADH dehydrogenase (quinone)  33.55 
 
 
980 aa  94.4  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.282248  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1100  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.75 
 
 
953 aa  94  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0546017  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  28.81 
 
 
671 aa  93.6  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  31.01 
 
 
486 aa  93.6  9e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3229  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.04 
 
 
488 aa  93.6  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.121013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1398  NADH dehydrogenase (quinone)  31.52 
 
 
498 aa  93.2  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  31.75 
 
 
654 aa  92.8  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3814  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.33 
 
 
490 aa  92.4  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2742  NADH dehydrogenase (quinone)  32.7 
 
 
497 aa  92  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1000  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.56 
 
 
507 aa  92  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.827251 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  27.93 
 
 
577 aa  92  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2662  NADH dehydrogenase (quinone)  30.93 
 
 
503 aa  92  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  28.43 
 
 
1265 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  31.44 
 
 
669 aa  90.9  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  30.6 
 
 
499 aa  90.9  5e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4616  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.03 
 
 
979 aa  90.9  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.641343  decreased coverage  0.000524948 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  28.53 
 
 
646 aa  90.9  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0284  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  30.88 
 
 
517 aa  90.1  8e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000106102 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1503  NADH dehydrogenase subunit M  26.24 
 
 
511 aa  90.1  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  29.35 
 
 
672 aa  90.1  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.58 
 
 
969 aa  90.1  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  29.03 
 
 
672 aa  89.7  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0609  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.1 
 
 
496 aa  89.4  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  28.16 
 
 
679 aa  89.7  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  30 
 
 
669 aa  89.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1248  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  31.72 
 
 
534 aa  89.7  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.130648  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  29.03 
 
 
672 aa  89.7  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  29.35 
 
 
672 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.14 
 
 
790 aa  89.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0845  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  26.8 
 
 
698 aa  89.7  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.676363 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0379  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.87 
 
 
605 aa  89.7  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000619684  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3430  NADH dehydrogenase I, M subunit  27.78 
 
 
496 aa  89  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1431  NADH dehydrogenase (quinone)  30.15 
 
 
498 aa  89  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.352854  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  29.03 
 
 
672 aa  89  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.92 
 
 
492 aa  89  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0574  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.86 
 
 
535 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  29.03 
 
 
672 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3818  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.54 
 
 
999 aa  88.6  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.283218  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
654 aa  88.2  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.95 
 
 
522 aa  88.6  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0179  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.88 
 
 
491 aa  88.2  3e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.490475  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0584  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.61 
 
 
535 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0596  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.61 
 
 
535 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.395006 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0812  NADH dehydrogenase (quinone)  31.54 
 
 
503 aa  88.6  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.114491  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5081  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.3 
 
 
979 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3530  NADH dehydrogenase (quinone)  30 
 
 
470 aa  87.8  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2761  NADH dehydrogenase subunit M  25.95 
 
 
511 aa  87.8  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3948  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30 
 
 
545 aa  87.8  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.147624 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0564  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  33.05 
 
 
481 aa  87.4  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2288  NADH dehydrogenase (quinone)  27.6 
 
 
488 aa  87.4  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0350  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.25 
 
 
982 aa  87  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0121  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  25.98 
 
 
491 aa  87.4  7e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2820  NADH dehydrogenase subunit M  28.53 
 
 
494 aa  87.4  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1532  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.67 
 
 
511 aa  87.4  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3401  F420H2 dehydrogenase subunit N  29.26 
 
 
481 aa  87  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.280357  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2806  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.62 
 
 
997 aa  87  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0171  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.37 
 
 
496 aa  87  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  28.95 
 
 
1265 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3455  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.66 
 
 
488 aa  86.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.112327  normal  0.0281996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1399  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter MnhD subunit-like protein  30.28 
 
 
437 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4894  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.84 
 
 
986 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.155841  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1604  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.27 
 
 
519 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1626  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  33 
 
 
484 aa  86.3  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.87188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>