More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A1345 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  100 
 
 
552 aa  1124    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  45.54 
 
 
544 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  44.98 
 
 
547 aa  462  1e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1329  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  46.2 
 
 
532 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0011  extracellular solute-binding protein  44.42 
 
 
534 aa  436  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0146567 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  42.03 
 
 
549 aa  424  1e-117  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0035  extracellular solute-binding protein family 5  42.86 
 
 
546 aa  402  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000195087  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1271  extracellular solute-binding protein family 5  45.36 
 
 
533 aa  398  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000259985  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  41.09 
 
 
541 aa  390  1e-107  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1125  extracellular solute-binding protein  43 
 
 
525 aa  389  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0107082  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1071  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  43 
 
 
525 aa  389  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0509495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3547  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  42.8 
 
 
515 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000727174  normal  0.0236631 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0216  extracellular solute-binding protein  40.53 
 
 
569 aa  384  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0187  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.92 
 
 
542 aa  367  1e-100  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1925  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  39.23 
 
 
544 aa  364  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.176538  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1345  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  39.02 
 
 
544 aa  363  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.38578 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1376  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.82 
 
 
544 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.268389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1361  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.82 
 
 
544 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0151112 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2106  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  38.82 
 
 
544 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610577 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2550  extracellular solute-binding protein family 5  42.24 
 
 
523 aa  353  2.9999999999999997e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00133049  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3644  extracellular solute-binding protein  39.47 
 
 
510 aa  345  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1675  oligopeptide-binding protein OppA  36.64 
 
 
512 aa  335  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642155  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  38.24 
 
 
542 aa  326  5e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.2 
 
 
509 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  29.92 
 
 
518 aa  205  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
526 aa  197  3e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  31.77 
 
 
519 aa  183  8.000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
539 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.77 
 
 
511 aa  162  1e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.28 
 
 
511 aa  160  4e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.07 
 
 
511 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.14 
 
 
538 aa  157  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
538 aa  156  7e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  26.49 
 
 
546 aa  154  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1971  extracellular solute-binding protein family 5  27.81 
 
 
525 aa  152  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.743088  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  25.77 
 
 
557 aa  152  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.07 
 
 
511 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0119  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
532 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.135782 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  30.88 
 
 
562 aa  148  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.57 
 
 
540 aa  148  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04010  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.06 
 
 
548 aa  148  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.115797  normal  0.0514058 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.66 
 
 
511 aa  146  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  26.59 
 
 
510 aa  145  1e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 
576 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  26.02 
 
 
534 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4500  extracellular solute-binding protein family 5  26.26 
 
 
528 aa  140  7e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.275925  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  27.21 
 
 
580 aa  139  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  27.07 
 
 
579 aa  139  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
540 aa  139  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 
565 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  28.92 
 
 
518 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
515 aa  137  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 
533 aa  136  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 
575 aa  136  9e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.53 
 
 
575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  27.4 
 
 
575 aa  134  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.4 
 
 
559 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.4 
 
 
555 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
575 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.4 
 
 
575 aa  134  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
528 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
551 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
522 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
508 aa  130  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 
559 aa  130  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 
549 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.49 
 
 
524 aa  128  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  26.41 
 
 
563 aa  128  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  29.7 
 
 
527 aa  128  3e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  26.46 
 
 
575 aa  127  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.52 
 
 
516 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  26.46 
 
 
575 aa  126  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.56 
 
 
575 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 
516 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.52 
 
 
516 aa  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.3 
 
 
516 aa  124  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27 
 
 
534 aa  124  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 
535 aa  124  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.72 
 
 
520 aa  123  9e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  26.3 
 
 
516 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  26.3 
 
 
516 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.01 
 
 
588 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.95 
 
 
516 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.36 
 
 
556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
512 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
555 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 
575 aa  120  6e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.09 
 
 
516 aa  120  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2017  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 
523 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0245155  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
512 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
618 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 
517 aa  118  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.36 
 
 
520 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.91 
 
 
525 aa  117  6e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.84 
 
 
524 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1608  extracellular solute-binding protein  29.04 
 
 
516 aa  117  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.161051  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 
528 aa  117  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.89 
 
 
535 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
556 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>