110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00935 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  100 
 
 		 130 aa  268  1e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  58.68 
 
 		 125 aa  154  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 123 aa  154  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 124 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  53.78 
 
 		 131 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  56.78 
 
 		 124 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  44.26 
 
 		 169 aa  112  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  41.18 
 
 		 121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  39.82 
 
 		 128 aa  106  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  39.13 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 122 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  44.35 
 
 		 121 aa  104  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 122 aa  104  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  37.4 
 
 		 133 aa  101  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  38.21 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  37.4 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  38.21 
 
 		 132 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  37.4 
 
 		 133 aa  99  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  38.79 
 
 		 133 aa  98.2  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 122 aa  97.8  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 124 aa  93.2  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  37.93 
 
 		 124 aa  90.1  9e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  31.9 
 
 		 123 aa  83.6  8e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 123 aa  83.6  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  31.9 
 
 		 123 aa  83.6  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  33.62 
 
 		 125 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  29.82 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  33.33 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  29.82 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  32.52 
 
 		 122 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  30.58 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  31.9 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  32.46 
 
 		 161 aa  75.5  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  28.18 
 
 		 117 aa  72.8  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  33.63 
 
 		 143 aa  72.8  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  29.27 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0889  transcriptional regulator  32.46 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000992665  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  40.19 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  30.65 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  32.5 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  30.97 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0730  transcriptional repressor, CopY family  31.73 
 
 		 120 aa  63.5  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2069  CopY family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.490832  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3145  transcriptional regulator  24.37 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  33.33 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  28.57 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 117 aa  60.1  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  26.89 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  26.96 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  28.45 
 
 		 123 aa  58.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  25.66 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  27.59 
 
 		 121 aa  57  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  27.59 
 
 		 125 aa  57  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1301  transcriptional repressor, CopY family  22.22 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0225104  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  26.36 
 
 		 153 aa  56.6  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2324  CopY family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 119 aa  55.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2098  transcriptional repressor, CopY family  26.55 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.560575  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  27.87 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  28.95 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1648  transcriptional regulator  40 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00645842  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1589  transcriptional regulator  23.01 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2616  CopY family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.940233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 125 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0165  transcriptional repressor, CopY family  20.35 
 
 		 119 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.272376  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  24.79 
 
 		 155 aa  51.2  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0076  transcriptional repressor, CopY family  25.64 
 
 		 128 aa  50.8  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726818  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4098  CopY family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 144 aa  50.4  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.088589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1362  CopY family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 124 aa  50.1  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3470  transcriptional repressor, CopY family  24.78 
 
 		 120 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  22.61 
 
 		 146 aa  48.1  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  28.57 
 
 		 130 aa  47.8  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  23.39 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 122 aa  47.4  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  24.79 
 
 		 123 aa  47  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  21.74 
 
 		 146 aa  46.2  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  21.67 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0287  transcriptional repressor, CopY family  30.08 
 
 		 121 aa  46.2  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.175686  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  25.41 
 
 		 117 aa  46.2  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  25.66 
 
 		 123 aa  47  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  19.13 
 
 		 140 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2619  Penicillinase repressor  37.84 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3494  transcriptional repressor, CopY family  26.55 
 
 		 139 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2622  transcriptional repressor, CopY family  26.55 
 
 		 139 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0170436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2142  CopY family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.325229 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 122 aa  44.3  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0290  penicillinase repressor  24 
 
 		 135 aa  43.9  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.837655  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4332  transcriptional repressor, CopY family  39.71 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  25.62 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0182  CopY family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37280  predicted transcriptional regulator  33.77 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.122249 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3767  CopY family transcriptional repressor  26.5 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>