133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2994 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  100 
 
 		 124 aa  251  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  73.98 
 
 		 123 aa  192  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  69.67 
 
 		 125 aa  184  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  68.29 
 
 		 124 aa  175  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  64.23 
 
 		 131 aa  164  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  59.66 
 
 		 130 aa  149  8.999999999999999e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  51.72 
 
 		 121 aa  114  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  43.48 
 
 		 124 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  43.09 
 
 		 133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  44.35 
 
 		 169 aa  108  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 122 aa  106  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  40.65 
 
 		 133 aa  104  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  46.02 
 
 		 121 aa  104  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  40.65 
 
 		 133 aa  104  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  40.65 
 
 		 132 aa  103  6e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  41.46 
 
 		 132 aa  103  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  41.46 
 
 		 132 aa  103  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  41.23 
 
 		 128 aa  99.8  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 122 aa  95.9  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 122 aa  93.2  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 124 aa  89.4  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  33.04 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  33.04 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  36.21 
 
 		 124 aa  84  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  31.9 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  31.9 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  30.36 
 
 		 117 aa  75.5  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  29.17 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  31.71 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  31.67 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  27.64 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  29.66 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  28.95 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  27.19 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  29.2 
 
 		 125 aa  61.6  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  27.19 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  29.06 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3145  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  31.03 
 
 		 124 aa  60.1  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  26.55 
 
 		 125 aa  60.1  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  28.07 
 
 		 148 aa  60.1  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  31.93 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1301  transcriptional repressor, CopY family  24.56 
 
 		 118 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0225104  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  31.36 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  28.45 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  27.83 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  25.64 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  26.5 
 
 		 123 aa  57  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  28.83 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1362  CopY family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2619  Penicillinase repressor  35.45 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  29.66 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0889  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000992665  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  24.55 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0076  transcriptional repressor, CopY family  28.7 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726818  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  27.36 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  36.71 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4332  transcriptional repressor, CopY family  34.67 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  23.48 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2098  transcriptional repressor, CopY family  29.03 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.560575  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  26.09 
 
 		 123 aa  51.6  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2069  CopY family transcriptional regulator  22.03 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.490832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0730  transcriptional repressor, CopY family  26.36 
 
 		 120 aa  51.6  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1835  transcriptional repressor, CopY family  29.06 
 
 		 118 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 117 aa  51.2  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  25.42 
 
 		 119 aa  51.2  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  38.14 
 
 		 126 aa  51.2  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 154 aa  51.2  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2324  CopY family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 122 aa  50.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0567  regulator  34.62 
 
 		 126 aa  50.4  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  23.73 
 
 		 117 aa  50.4  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5136  transcriptional repressor, CopY family  31.82 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110862  normal  0.0983115 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  28.3 
 
 		 146 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 125 aa  50.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  27.36 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0769  CopY family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 159 aa  48.9  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.585714  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  23.08 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  24.78 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0951  transcriptional repressor, CopY family  37.33 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1643  transcriptional repressor, CopY family  42.62 
 
 		 131 aa  48.1  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.460191  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_002950  PG2186  transcriptional regulator, putative  25 
 
 		 111 aa  47.4  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1589  transcriptional regulator  23.33 
 
 		 120 aa  47  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3680  transcriptional repressor, CopY family  30.77 
 
 		 139 aa  47  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  32.43 
 
 		 139 aa  47  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0677  penicillinase repressor  26.72 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2622  transcriptional repressor, CopY family  28.72 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0170436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3357  CopY family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.58823 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3494  transcriptional repressor, CopY family  28.72 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0490  CopY family transcriptional repressor  39.06 
 
 		 107 aa  46.2  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.817157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  25.62 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5737  CopY family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 130 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>