106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1811 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  100 
 
 
124 aa  248  3e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  67.48 
 
 
124 aa  170  6.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  47.15 
 
 
169 aa  127  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  45.08 
 
 
133 aa  114  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  43.22 
 
 
132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  43.09 
 
 
128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  43.22 
 
 
133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  44.07 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  44.07 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  43.59 
 
 
133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  39.66 
 
 
124 aa  103  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  40 
 
 
131 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  36.21 
 
 
125 aa  96.3  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  37.07 
 
 
123 aa  96.3  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  36.52 
 
 
130 aa  93.2  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  36.21 
 
 
124 aa  89.4  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  38.79 
 
 
123 aa  88.2  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  38.79 
 
 
123 aa  88.2  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  38.79 
 
 
123 aa  88.2  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  37.07 
 
 
121 aa  85.9  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  35 
 
 
142 aa  82.4  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  28.57 
 
 
122 aa  78.2  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  30.51 
 
 
121 aa  77.4  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  33.33 
 
 
124 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  35.9 
 
 
126 aa  73.6  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  28.7 
 
 
122 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  46.94 
 
 
126 aa  71.2  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  31.58 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  29.82 
 
 
122 aa  70.1  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  30 
 
 
124 aa  69.7  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  28.81 
 
 
119 aa  69.3  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1301  transcriptional repressor, CopY family  32.77 
 
 
118 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0225104  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  35.83 
 
 
124 aa  68.6  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  36.04 
 
 
125 aa  68.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  31.67 
 
 
122 aa  68.2  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  28.46 
 
 
125 aa  68.2  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  32.48 
 
 
124 aa  67.4  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  34.19 
 
 
126 aa  67  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  34.19 
 
 
126 aa  67  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  30 
 
 
126 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  30.51 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  26.32 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  34.51 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  28.57 
 
 
125 aa  65.1  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  30.17 
 
 
161 aa  65.5  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  27.05 
 
 
128 aa  63.9  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  29.17 
 
 
149 aa  64.3  0.0000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0889  transcriptional regulator  30.58 
 
 
151 aa  63.9  0.0000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000992665  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  31.53 
 
 
120 aa  63.5  0.0000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  34.71 
 
 
155 aa  63.2  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  31.13 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  35 
 
 
126 aa  62  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  30.33 
 
 
140 aa  61.6  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  28.57 
 
 
140 aa  60.5  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3470  transcriptional repressor, CopY family  27.12 
 
 
120 aa  60.8  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  26.45 
 
 
149 aa  60.1  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  29.57 
 
 
121 aa  59.7  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  29.17 
 
 
155 aa  59.3  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2069  CopY family transcriptional regulator  30.65 
 
 
128 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.490832  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3145  transcriptional regulator  27.73 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  34.55 
 
 
121 aa  58.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  26.13 
 
 
130 aa  57.8  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  27.35 
 
 
122 aa  57.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  28.21 
 
 
129 aa  57  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  27.19 
 
 
117 aa  57  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1362  CopY family transcriptional regulator  31.67 
 
 
124 aa  56.2  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0730  transcriptional repressor, CopY family  24.58 
 
 
120 aa  56.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  26.96 
 
 
127 aa  56.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5182  transcriptional repressor, CopY family  27.27 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.717917  hitchhiker  0.0058899 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  29.91 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  27.12 
 
 
125 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  33.9 
 
 
122 aa  55.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  28.33 
 
 
123 aa  55.1  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  30.58 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  25.21 
 
 
135 aa  53.9  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  26.89 
 
 
123 aa  53.5  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  28.21 
 
 
146 aa  53.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1589  transcriptional regulator  25.86 
 
 
120 aa  53.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  36.04 
 
 
122 aa  53.5  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  26.02 
 
 
127 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1648  transcriptional regulator  26.13 
 
 
147 aa  52.8  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00645842  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  26.05 
 
 
153 aa  52.4  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2098  transcriptional repressor, CopY family  21.67 
 
 
120 aa  51.2  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.560575  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0165  transcriptional repressor, CopY family  25 
 
 
119 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.272376  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2324  CopY family transcriptional regulator  26.23 
 
 
119 aa  50.8  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  26.55 
 
 
123 aa  50.4  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2754  transcriptional repressor, CopY family  28.21 
 
 
133 aa  50.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  25.86 
 
 
133 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  26.09 
 
 
130 aa  48.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  26.83 
 
 
139 aa  47.4  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2354  CopY family transcriptional regulator  28.3 
 
 
109 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000228636  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  26.61 
 
 
119 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2619  Penicillinase repressor  31.68 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  27.59 
 
 
154 aa  44.3  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0287  transcriptional repressor, CopY family  27.27 
 
 
121 aa  44.3  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.175686  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  23.08 
 
 
124 aa  43.9  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4382  putative transcriptional regulator  26.5 
 
 
126 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2142  CopY family transcriptional regulator  23.68 
 
 
130 aa  43.5  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.325229 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  28.44 
 
 
140 aa  42.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2606  Penicillinase repressor  32.58 
 
 
126 aa  42.4  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>