133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3341 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  268  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  64.23 
 
 		 124 aa  164  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 123 aa  164  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 125 aa  164  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  58.06 
 
 		 124 aa  152  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  53.78 
 
 		 130 aa  139  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  49.21 
 
 		 121 aa  119  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 122 aa  116  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  44.54 
 
 		 133 aa  115  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  41.73 
 
 		 133 aa  113  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  40.98 
 
 		 124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  42.15 
 
 		 128 aa  112  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  41.73 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  41.73 
 
 		 132 aa  110  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  41.73 
 
 		 132 aa  110  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  40.94 
 
 		 132 aa  110  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  46.49 
 
 		 121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  40.35 
 
 		 169 aa  104  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 122 aa  103  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  40 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  39.13 
 
 		 124 aa  94.4  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  32.17 
 
 		 123 aa  84  6e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 123 aa  84  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  32.17 
 
 		 123 aa  84  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  35.48 
 
 		 125 aa  83.6  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  29.51 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  29.57 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  30.4 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  29.09 
 
 		 117 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  33.07 
 
 		 124 aa  70.1  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  26.02 
 
 		 148 aa  68.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  31.3 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  27.64 
 
 		 128 aa  67  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  29.27 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  25.2 
 
 		 161 aa  67  0.00000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  32.17 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 140 aa  66.2  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 141 aa  65.9  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  30.08 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2069  CopY family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.490832  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  29.03 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2098  transcriptional repressor, CopY family  29.41 
 
 		 120 aa  63.5  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.560575  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 117 aa  62.8  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  23.68 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  32.17 
 
 		 127 aa  62.8  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0730  transcriptional repressor, CopY family  28.44 
 
 		 120 aa  62  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  28.46 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 119 aa  61.6  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0889  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000992665  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3145  transcriptional regulator  24.37 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  27.97 
 
 		 121 aa  61.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  26.02 
 
 		 121 aa  60.1  0.000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  28.21 
 
 		 155 aa  60.1  0.000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  37.37 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  27.73 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  26.27 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2324  CopY family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 119 aa  57  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0165  transcriptional repressor, CopY family  27.19 
 
 		 119 aa  57  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.272376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  23.97 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1301  transcriptional repressor, CopY family  25.86 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0225104  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  28 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  25.42 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  27.35 
 
 		 153 aa  54.7  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  27.05 
 
 		 124 aa  54.7  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  26.5 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  26.4 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2354  CopY family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000228636  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3470  transcriptional repressor, CopY family  23.68 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0677  penicillinase repressor  28.89 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  39.71 
 
 		 126 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  23.08 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  25.44 
 
 		 117 aa  51.6  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 149 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  28.7 
 
 		 123 aa  51.6  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1589  transcriptional regulator  25.44 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  32.43 
 
 		 139 aa  50.8  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  24.35 
 
 		 122 aa  50.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4311  transcriptional repressor, CopY family  29.82 
 
 		 141 aa  50.4  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.972476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  25.42 
 
 		 119 aa  50.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 148 aa  49.3  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5182  transcriptional repressor, CopY family  27.12 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.717917  hitchhiker  0.0058899 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  26.83 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  25.2 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0498  CopY family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.584865 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  34.18 
 
 		 133 aa  48.5  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4282  transcriptional repressor, CopY family  27.91 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1287  transcriptional repressor, CopY family  26.5 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.58486  normal  0.221741 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3767  CopY family transcriptional repressor  26.85 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164667  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 139 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  24.78 
 
 		 135 aa  47.4  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  22.81 
 
 		 123 aa  47  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>