98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3585 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  100 
 
 
124 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  68.29 
 
 
124 aa  175  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  64.52 
 
 
125 aa  174  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  65.85 
 
 
123 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  58.06 
 
 
131 aa  152  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  56.78 
 
 
130 aa  137  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  47.37 
 
 
122 aa  115  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  46.96 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  45.69 
 
 
121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  41.6 
 
 
132 aa  108  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  41.6 
 
 
132 aa  108  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  41.94 
 
 
133 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  40 
 
 
133 aa  104  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  40 
 
 
132 aa  105  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  40 
 
 
133 aa  104  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  39.47 
 
 
128 aa  100  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  42.86 
 
 
122 aa  98.6  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  37.61 
 
 
124 aa  97.8  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  40.35 
 
 
122 aa  94  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  38.26 
 
 
169 aa  90.5  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  29.17 
 
 
126 aa  80.9  0.000000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  35.04 
 
 
124 aa  79  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  27.83 
 
 
123 aa  76.6  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  29.41 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  27.83 
 
 
123 aa  76.6  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  27.83 
 
 
123 aa  76.6  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  29.41 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  33.33 
 
 
124 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  27.93 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  30.97 
 
 
128 aa  71.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0730  transcriptional repressor, CopY family  33.94 
 
 
120 aa  64.7  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  31.36 
 
 
121 aa  62  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  30.7 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  31.09 
 
 
122 aa  59.7  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  25.44 
 
 
149 aa  59.7  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  27.42 
 
 
125 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  26.32 
 
 
148 aa  59.7  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  25.44 
 
 
161 aa  58.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  30.17 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  32.46 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2069  CopY family transcriptional regulator  22.69 
 
 
128 aa  58.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.490832  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  27.64 
 
 
121 aa  57.8  0.00000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0076  transcriptional repressor, CopY family  26.83 
 
 
128 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726818  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  30.7 
 
 
125 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  35.71 
 
 
126 aa  56.6  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  27.64 
 
 
126 aa  55.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2324  CopY family transcriptional regulator  30.77 
 
 
119 aa  55.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3145  transcriptional regulator  27.42 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0889  transcriptional regulator  30.91 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000992665  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  26.09 
 
 
126 aa  56.2  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  24.58 
 
 
117 aa  55.1  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  25.45 
 
 
155 aa  53.9  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2098  transcriptional repressor, CopY family  30.65 
 
 
120 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.560575  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  24.78 
 
 
125 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1362  CopY family transcriptional regulator  24.8 
 
 
124 aa  50.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  25.42 
 
 
155 aa  50.4  0.000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  24.35 
 
 
141 aa  50.4  0.000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  29.76 
 
 
124 aa  50.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0165  transcriptional repressor, CopY family  28.16 
 
 
119 aa  50.1  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.272376  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  25.21 
 
 
124 aa  50.1  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4332  transcriptional repressor, CopY family  34.67 
 
 
120 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  28.7 
 
 
127 aa  50.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  25.22 
 
 
123 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  25.23 
 
 
140 aa  48.5  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1643  transcriptional repressor, CopY family  41.38 
 
 
131 aa  47.8  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.460191  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  27.5 
 
 
119 aa  47.8  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  22.76 
 
 
122 aa  47.8  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  30.49 
 
 
133 aa  47  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1835  transcriptional repressor, CopY family  26.89 
 
 
118 aa  47  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1589  transcriptional regulator  25.83 
 
 
120 aa  47  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  36.11 
 
 
154 aa  47  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  25.62 
 
 
129 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5136  transcriptional repressor, CopY family  26.89 
 
 
118 aa  46.2  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110862  normal  0.0983115 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  26.5 
 
 
122 aa  46.2  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  23.93 
 
 
125 aa  46.6  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  37.88 
 
 
126 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  23.89 
 
 
119 aa  46.6  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3470  transcriptional repressor, CopY family  27.88 
 
 
120 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  24.58 
 
 
117 aa  44.3  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  25.2 
 
 
123 aa  44.3  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2186  transcriptional regulator, putative  25.64 
 
 
111 aa  44.3  0.0006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1287  transcriptional repressor, CopY family  32.91 
 
 
119 aa  43.9  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.58486  normal  0.221741 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0677  penicillinase repressor  26.72 
 
 
133 aa  43.9  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9018  transcriptional repressor, CopY family  35.94 
 
 
119 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  25.21 
 
 
124 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5639  transcriptional repressor, CopY family  24.36 
 
 
131 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0388648 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  25.42 
 
 
124 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0951  transcriptional repressor, CopY family  26 
 
 
118 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778736  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5737  CopY family transcriptional regulator  25.64 
 
 
130 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  26.79 
 
 
127 aa  42.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  23.89 
 
 
135 aa  42  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0490  CopY family transcriptional repressor  32.39 
 
 
107 aa  41.6  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.817157  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  22.41 
 
 
120 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0287  transcriptional repressor, CopY family  32.2 
 
 
121 aa  41.2  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.175686  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  28 
 
 
118 aa  40.8  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  23.77 
 
 
153 aa  40.4  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0567  regulator  26.92 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2354  CopY family transcriptional regulator  20.18 
 
 
109 aa  40  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000228636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>