84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1985 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1985  nuclease (SNase domain protein)  100 
 
 		 193 aa  401  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.242918  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2235  nuclease (SNase domain protein)  91.19 
 
 		 193 aa  370  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.197015 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3053  SNase-like nuclease  39.89 
 
 		 180 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.1276200000000001e-18  normal  0.298628 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  44.83 
 
 		 179 aa  139  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  41.53 
 
 		 187 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  42.11 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  45.33 
 
 		 158 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  38.42 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2526  SNase-like nuclease  36.36 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0971838  normal  0.0202736 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  38.41 
 
 		 169 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1199  nuclease, putative  34.29 
 
 		 187 aa  92  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000552466  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2377  SNase-like nuclease  30.37 
 
 		 185 aa  82  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0106322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  28.39 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0845  nuclease (SNase domain protein)  27.45 
 
 		 153 aa  77  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311247  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2245  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.184004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  28.28 
 
 		 192 aa  73.9  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  27.42 
 
 		 174 aa  72  0.000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0143  putative nuclease  31.85 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  unclonable  0.000000000478675  hitchhiker  0.000499621 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1147  nuclease (SNase-like)  30 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0321179  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  31.47 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2364  nuclease (SNase domain protein)  31.01 
 
 		 171 aa  64.7  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000986149  hitchhiker  0.0000256205 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2340  nuclease (SNase domain protein)  31.85 
 
 		 162 aa  63.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1456  nuclease (SNase domain protein)  30.57 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  29.76 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  29.67 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  29.66 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  28.96 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1380  nuclease (SNase domain protein)  28.75 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0309494  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  29.11 
 
 		 148 aa  62  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  31.08 
 
 		 216 aa  62  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  27.27 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  27.91 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  26.7 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3662  nuclease (SNase domain protein)  30.46 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808999  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2575  nuclease  30.26 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000542657  unclonable  0.0000125169 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  26.14 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  30 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0135  nuclease (SNase-like)  33.33 
 
 		 142 aa  60.5  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000156916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0193  nuclease  29.61 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  30.67 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  30.92 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0658  nuclease (SNase domain protein)  27.17 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  27.47 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3683  nuclease  29.61 
 
 		 153 aa  54.3  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  27.06 
 
 		 156 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1306  nuclease (SNase-like)  27.22 
 
 		 175 aa  52  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  27.92 
 
 		 155 aa  50.1  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25810  nuclease  30.13 
 
 		 169 aa  49.3  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823432  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41180  nuclease  29.05 
 
 		 138 aa  49.7  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.804446  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51840  nuclease  34.21 
 
 		 185 aa  49.3  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1682  nuclease (SNase-like)  29.53 
 
 		 153 aa  48.9  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0199869  normal  0.0644244 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1584  nuclease (SNase domain protein)  25 
 
 		 134 aa  48.5  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.231891  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0516  nuclease  23.84 
 
 		 189 aa  48.5  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.439646  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  28.57 
 
 		 175 aa  48.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0576  Excalibur domain protein  28.87 
 
 		 212 aa  47.8  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000012089  unclonable  0.00000255125 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0124  nuclease (SNase-like)  24.28 
 
 		 275 aa  47  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00271835  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2501  nuclease  26.42 
 
 		 205 aa  46.6  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.080015  normal  0.0413796 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0779  nuclease (SNase domain protein)  24.28 
 
 		 169 aa  46.6  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0569  nuclease  21.99 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  29.38 
 
 		 225 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1359  nuclease (SNase domain protein)  26.42 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.104697  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0389  nuclease  23.18 
 
 		 183 aa  46.2  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1472  nuclease  24.5 
 
 		 183 aa  45.8  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  28.99 
 
 		 227 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0448  nuclease  22.52 
 
 		 183 aa  45.4  0.0005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0938967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  27.81 
 
 		 153 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00242  transcription factor (Snd1/p100), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G09250)  28.47 
 
 		 882 aa  44.7  0.0008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.15453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2800  nuclease  28.3 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0144279 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0052  protein ParB  25.45 
 
 		 164 aa  44.3  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0810303  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0891  thermonuclease precursor family protein  26.82 
 
 		 178 aa  43.9  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000025104  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0156  nuclease (SNase-like)  25.41 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0216151  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  28.4 
 
 		 227 aa  43.5  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19010  nuclease  26.88 
 
 		 167 aa  43.5  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.461402  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  27.17 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0374  nuclease  29.17 
 
 		 346 aa  43.1  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.180384  hitchhiker  0.00530121 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4927  nuclease (SNase domain protein)  28.05 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3653  nuclease (SNase domain protein)  27.33 
 
 		 171 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3707  nuclease (SNase domain protein)  27.33 
 
 		 171 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.112464  normal  0.156975 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  26.85 
 
 		 153 aa  42  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND02570  mitochondrion protein, putative  27.66 
 
 		 282 aa  42  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.514055  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2219  nuclease (SNase domain protein)  28.65 
 
 		 205 aa  42  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0952  nuclease (SNase-like)  26.17 
 
 		 157 aa  41.6  0.007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1080  putative nuclease  25.48 
 
 		 168 aa  41.2  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  26.11 
 
 		 166 aa  41.2  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>