71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2350 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 104 aa  199  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  53.33 
 
 		 118 aa  93.2  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5223  conjugal transfer protein TrbC  59.04 
 
 		 115 aa  85.9  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1719  Conjugal transfer protein TrbC  51.28 
 
 		 98 aa  83.6  9e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000440508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2347  Conjugal transfer protein TrbC  52.17 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  56.72 
 
 		 114 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  48.81 
 
 		 108 aa  79  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7441  putative conjugal transfer protein  54.67 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.86569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3365  conjugal transfer protein trbC  55.56 
 
 		 109 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  56.45 
 
 		 113 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  56.9 
 
 		 110 aa  70.9  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0807  conjugal transfer protein TrbC  47.06 
 
 		 110 aa  70.5  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  40.95 
 
 		 132 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1501  conjugal transfer protein trbC  52.86 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2613  conjugal transfer protein TrbC  57.35 
 
 		 114 aa  69.3  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2879  conjugal transfer protein TrbC  58.06 
 
 		 110 aa  68.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  52.46 
 
 		 109 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2825  Conjugal transfer protein TrbC  56.45 
 
 		 113 aa  67.8  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2005  conjugal transfer protein TrbC  52.63 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3003  conjugal transfer protein TrbC  47.62 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3852  conjugal transfer protein TrbC  52.05 
 
 		 125 aa  67  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0185203  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4196  conjugal transfer protein TrbC  50 
 
 		 119 aa  67  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3692  conjugal transfer protein TrbC  56.16 
 
 		 111 aa  67  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2484  conjugal transfer protein TrbC  55.71 
 
 		 110 aa  66.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.309797 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3213  conjugal transfer protein TrbC  55.22 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00593257  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3087  Conjugal transfer protein TrbC  48.15 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7742  conjugal transfer protein TrbC precursor  55.88 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.429944 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0317  conjugal transfer protein TrbC  57.58 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0185631  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3195  conjugal transfer protein TrbC  47.06 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.44618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1483  conjugal transfer protein TrbC  45.88 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.157132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0155  conjugal transfer protein TrbC  45.45 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35710  P-type conjugative transfer protein TrbC  52.05 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.120945  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3999  conjugal transfer protein TrbC  56.45 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.613451  normal  0.88722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0748  conjugal transfer protein TrbC  44.71 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1193  conjugal transfer protein TrbC  59.68 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.277659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3542  conjugal transfer protein TrbC  59.68 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0508  conjugal transfer protein TrbC  54.41 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102779  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2323  conjugal transfer protein TrbC  56.45 
 
 		 110 aa  61.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.547163  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2269  conjugal transfer protein TrbC  58.06 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0698  conjugal transfer protein TrbC  54.84 
 
 		 110 aa  60.5  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0162  conjugal transfer protein TrbC  52.54 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.585126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0596  conjugal transfer protein TrbC  55.74 
 
 		 110 aa  60.1  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2910  conjugal transfer protein TrbC  58.06 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1283  conjugal transfer protein TrbC  58.06 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2646  Conjugal transfer protein TrbC  58.06 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2698  conjugal transfer protein TrbC  58.06 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3505  Conjugal transfer protein TrbC  58.06 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2351  conjugal transfer protein TrbC  56.67 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.611476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30930  TrbC-like protein  58.33 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000124423  unclonable  1.6158999999999998e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3705  conjugal transfer protein TrbC  58.33 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500827  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1317  Conjugal transfer protein TrbC  58.33 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1551  conjugal transfer protein TrbC  58.33 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0214054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1342  conjugal transfer protein TrbC  58.33 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0563468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0965  Conjugal transfer protein TrbC  56.36 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2583  conjugal transfer TrbC transmembrane protein  58.06 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1896  Conjugal transfer protein TrbC  58.62 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0727  conjugal transfer protein TrbC  58.62 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1836  conjugal transfer protein TrbC  44.83 
 
 		 107 aa  57  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0437  conjugal transfer protein TrbC  57.89 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  41.49 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  40.96 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  40.96 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  46 
 
 		 123 aa  47.8  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  30.53 
 
 		 113 aa  47.4  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2819  Conjugal transfer protein TrbC  40.54 
 
 		 122 aa  47.4  0.00006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  34.69 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  35.71 
 
 		 126 aa  45.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  33.73 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  56.76 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  69.23 
 
 		 134 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0257  Type IV secretory pathway AvhB2 protein  36.36 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>