More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2162 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  100 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  94.43 
 
 		 302 aa  581  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  65.46 
 
 		 307 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  63.16 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  59.54 
 
 		 304 aa  365  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  62.3 
 
 		 307 aa  363  3e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  54.36 
 
 		 301 aa  316  3e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  54.88 
 
 		 302 aa  315  5e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  52.68 
 
 		 301 aa  297  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  50.82 
 
 		 308 aa  281  9e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  45.82 
 
 		 309 aa  264  2e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  45.33 
 
 		 309 aa  259  6e-68  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_772  lysyl-tRNA synthetase, truncated  44.82 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2793  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.28 
 
 		 351 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0477928  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  42.72 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2739  lysine--tRNA ligase  41.77 
 
 		 351 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.27 
 
 		 340 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3193  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.29 
 
 		 352 aa  226  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.77 
 
 		 339 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.46 
 
 		 339 aa  225  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3004  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.6 
 
 		 352 aa  225  9e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0405088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.38 
 
 		 390 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3229  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.99 
 
 		 352 aa  221  8e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.504113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4013  putative lysyl-tRNA synthetase (lysine--tRNA ligase)  40.43 
 
 		 351 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0762  lysine--tRNA ligase  42.25 
 
 		 349 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1498  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.53 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.205908  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3798  Lysine--tRNA ligase  41.77 
 
 		 353 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00227981  normal  0.497071 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4127  Lysine--tRNA ligase  40.85 
 
 		 353 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.271818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  43.53 
 
 		 322 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  41.27 
 
 		 356 aa  211  7.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2301  lysine--tRNA ligase  38.79 
 
 		 345 aa  211  9e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.275563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2955  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.81 
 
 		 351 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6025  lysyl-tRNA synthetase  39.63 
 
 		 357 aa  209  6e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.858577  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1642  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.38 
 
 		 347 aa  208  8e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.576369  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2403  lysine--tRNA ligase  41.34 
 
 		 380 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.550576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1885  tRNA synthetase class II (D K and N)  40.85 
 
 		 350 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.70209  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2505  lysine--tRNA ligase  39.64 
 
 		 351 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.418111  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1078  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.47 
 
 		 358 aa  206  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3477  lysine--tRNA ligase  41.46 
 
 		 350 aa  205  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.89 
 
 		 326 aa  203  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0046  hypothetical protein  36.83 
 
 		 343 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2016  lysyl-tRNA synthetase homolog GenX  36.83 
 
 		 321 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3224  lysine--tRNA ligase  39.26 
 
 		 361 aa  202  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.428603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2808  lysine--tRNA ligase  38.12 
 
 		 350 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  36.42 
 
 		 325 aa  202  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04027  lysyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3835  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03989  hypothetical protein  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4626  lysyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0839984 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5673  lysyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.17046 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4687  lysyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.981409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4714  lysyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0685  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.62 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.572683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  37.62 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4399  lysyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 325 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  38.31 
 
 		 325 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  38.06 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3855  lysyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00133285 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03677  lysyl-tRNA synthetase  37.13 
 
 		 322 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0547578  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0378  lysine--tRNA ligase  40.24 
 
 		 350 aa  198  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.682721 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1654  lysine--tRNA ligase  39.63 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.693299 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  43.93 
 
 		 416 aa  198  7.999999999999999e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  37.69 
 
 		 489 aa  198  7.999999999999999e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  37.3 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0478  putative lysyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 		 345 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181681  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2229  lysyl-tRNA synthetase  37.69 
 
 		 349 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.188508  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2130  lysine--tRNA ligase  39.94 
 
 		 375 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  34.27 
 
 		 491 aa  196  5.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1032  lysyl-tRNA synthetase  36.88 
 
 		 501 aa  195  7e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.565305  normal  0.238368 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.56 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00737  tRNA synthetases class II (D, K and N) subfamily  39.55 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.885463  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0472  lysyl-tRNA synthetase  36 
 
 		 325 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2530  lysine--tRNA ligase  40.12 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.83  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  34.38 
 
 		 494 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  41.03 
 
 		 316 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0442  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  37.22 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  35.71 
 
 		 489 aa  190  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  36.05 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0454  Lysine--tRNA ligase  38.72 
 
 		 351 aa  189  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.444787 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  36 
 
 		 325 aa  188  8e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  33.75 
 
 		 494 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0396  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 499 aa  188  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  34.37 
 
 		 497 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2530  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  39.23 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115251  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1978  lysine--tRNA ligase  39.74 
 
 		 316 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2126  lysine--tRNA ligase  40.66 
 
 		 316 aa  186  3e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.840396  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00130  lysyl-tRNA synthetase  35.24 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0893  lysyl-tRNA synthetase, class-2  36.68 
 
 		 501 aa  186  5e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0553  lysyl-tRNA synthetase  32.29 
 
 		 515 aa  186  5e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0116888  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0539  lysyl-tRNA synthetase  32.29 
 
 		 515 aa  186  5e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00455686  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  33.85 
 
 		 499 aa  185  6e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  36.16 
 
 		 491 aa  185  9e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2847  lysyl-tRNA synthetase  37.3 
 
 		 484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0712  lysyl-tRNA synthetase  36.79 
 
 		 325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.292044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3665  lysyl-tRNA synthetase  36.79 
 
 		 325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2207  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  38.11 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>