More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_772 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_772  lysyl-tRNA synthetase, truncated  100 
 
 		 309 aa  648    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0787  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  84.79 
 
 		 309 aa  556  1e-157  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0869  lysyl-tRNA synthetase-related protein  79.94 
 
 		 309 aa  529  1e-149  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.584702  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1839  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  47.84 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000593972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2490  hypothetical protein  44.48 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2148  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  43.81 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000938384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0076  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  42.21 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211286 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2162  tRNA synthetase class II (D K and N)  44.82 
 
 		 305 aa  246  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2054  tRNA synthetase class II (D K and N)  45.15 
 
 		 302 aa  245  8e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1753  lysyl-tRNA synthetase-related protein  45.48 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1764  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  43.67 
 
 		 301 aa  235  7e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.076019  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3164  tRNA synthetase class II (D K and N)  42.03 
 
 		 301 aa  228  7e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0465087  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1914  tRNA synthetase class II (D K and N)  40.41 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000371414  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3854  tRNA synthetase class II (D K and N)  38.12 
 
 		 390 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.64996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3277  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  34.12 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1477  lysyl-tRNA synthetase  33.96 
 
 		 502 aa  186  6e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0701287  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02722  lysine tRNA synthetase, constitutive  35.19 
 
 		 505 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0802  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 505 aa  185  7e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000973431  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02685  hypothetical protein  35.19 
 
 		 505 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.803561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0819  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 505 aa  185  7e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3023  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 505 aa  185  7e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3049  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 505 aa  185  7e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3309  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 505 aa  185  9e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.97294  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3216  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 505 aa  185  9e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 494 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1365  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 532 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.040149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4180  lysyl-tRNA synthetase  35.19 
 
 		 505 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  34.58 
 
 		 497 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  35.69 
 
 		 499 aa  183  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  34.59 
 
 		 491 aa  183  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0117  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 489 aa  182  5.0000000000000004e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000338438  hitchhiker  0.00843463 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0649  lysyl-tRNA synthetase  34.15 
 
 		 505 aa  182  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0924  lysyl-tRNA synthetase  34.66 
 
 		 505 aa  182  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0883  lysyl-tRNA synthetase  34.66 
 
 		 505 aa  182  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3851  lysyl-tRNA synthetase  34.66 
 
 		 505 aa  182  9.000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0982146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2781  lysyl-tRNA synthetase-related protein GenX  36.17 
 
 		 322 aa  182  9.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0396  lysyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 		 499 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0422  lysyl-tRNA synthetase  33.23 
 
 		 511 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0344  lysyl-tRNA synthetase  35.24 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000187091 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3867  tRNA synthetase class II (D K and N)  35.2 
 
 		 339 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4598  lysyl-tRNA synthetase  34.91 
 
 		 505 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.221304  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04000  lysine tRNA synthetase, inducible  34.91 
 
 		 505 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03962  hypothetical protein  34.91 
 
 		 505 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4170  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.07 
 
 		 416 aa  179  5.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.555556  normal  0.90101 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3862  lysyl-tRNA synthetase  34.91 
 
 		 505 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3898  lysyl-tRNA synthetase  34.91 
 
 		 505 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4370  lysyl-tRNA synthetase  34.91 
 
 		 505 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.119358  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4684  lysyl-tRNA synthetase  34.91 
 
 		 505 aa  179  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5645  lysyl-tRNA synthetase  34.91 
 
 		 505 aa  179  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3196  lysyl-tRNA synthetase  34.57 
 
 		 505 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3208  lysyl-tRNA synthetase  34.57 
 
 		 505 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3271  lysyl-tRNA synthetase  34.57 
 
 		 505 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3376  lysyl-tRNA synthetase  34.57 
 
 		 505 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3384  lysyl-tRNA synthetase  33.13 
 
 		 502 aa  178  9e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3274  lysyl-tRNA synthetase  34.57 
 
 		 505 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3296  lysyl-tRNA synthetase  34.57 
 
 		 505 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2781  lysyl-tRNA synthetase  33.54 
 
 		 501 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2467  lysyl-tRNA synthetase  33.54 
 
 		 501 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0628  lysyl-tRNA synthetase  33.44 
 
 		 631 aa  177  1e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.350218  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  33.23 
 
 		 505 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2625  lysyl-tRNA synthetase-related protein  36.96 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  35 
 
 		 489 aa  177  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  35.14 
 
 		 489 aa  177  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  33.44 
 
 		 499 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1485  lysyl-tRNA synthetase  33.12 
 
 		 562 aa  176  3e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0420  lysyl-tRNA synthetase  34.81 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000643447 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3422  lysyl-tRNA synthetase  34.91 
 
 		 505 aa  176  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231607  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3757  lysyl-tRNA synthetase  33.64 
 
 		 325 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0888  lysyl-tRNA synthetase  32.72 
 
 		 501 aa  176  3e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3888  lysyl-tRNA synthetase  34.17 
 
 		 505 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1741  hypothetical protein  33.97 
 
 		 496 aa  176  5e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3783  tRNA synthetase class II (D K and N)  34.89 
 
 		 339 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3726  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  35.19 
 
 		 340 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0225  lysyl-tRNA synthetase  33.64 
 
 		 503 aa  176  5e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2993  lysyl-tRNA synthetase  32.52 
 
 		 501 aa  175  8e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1242  lysyl-tRNA synthetase  33.97 
 
 		 502 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0949  tRNA synthetase, class II (D, K and N)  33.01 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000776878  decreased coverage  0.000118121 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1741  hypothetical protein  33.97 
 
 		 496 aa  174  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4741  lysyl-tRNA synthetase  35.42 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1233  tRNA synthetase class II (D K and N)  36.25 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4622  lysyl-tRNA synthetase  35.11 
 
 		 325 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2997  lysyl-tRNA synthetase  33.86 
 
 		 502 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4705  lysyl-tRNA synthetase  35.11 
 
 		 325 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4762  lysyl-tRNA synthetase  35.11 
 
 		 325 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.827317 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4614  lysyl-tRNA synthetase  35.11 
 
 		 325 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1349  lysyl-tRNA synthetase  32.42 
 
 		 503 aa  172  3.9999999999999995e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000670094  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  32.5 
 
 		 504 aa  172  5e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01841  lysyl-tRNA synthetase  31.12 
 
 		 508 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1508  lysyl-tRNA synthetase  31.78 
 
 		 514 aa  172  5.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.781573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1008  lysyl-tRNA synthetase  33.23 
 
 		 496 aa  172  5.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1370  lysyl-tRNA synthetase  34.27 
 
 		 578 aa  172  7.999999999999999e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.394303 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0893  lysyl-tRNA synthetase, class-2  33.76 
 
 		 501 aa  172  7.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  33.44 
 
 		 505 aa  172  9e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4763  hypothetical protein  33.96 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3935  lysyl-tRNA synthetase  32.59 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2045  tRNA synthetase class II (D K and N)  34.73 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2354  lysyl-tRNA synthetase  32.49 
 
 		 496 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0808673  decreased coverage  0.00196891 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0007  lysyl-tRNA synthetase  32.19 
 
 		 497 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2375  lysine--tRNA ligase  33.54 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0383  lysyl-tRNA synthetase  34.37 
 
 		 325 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>