More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3920 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3920  integrase, catalytic region  100 
 
 		 65 aa  136  8.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  58.18 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  58.18 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  58.18 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  58.49 
 
 		 271 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  56.36 
 
 		 291 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  56.36 
 
 		 291 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  56.36 
 
 		 291 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  59.26 
 
 		 279 aa  72  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2466  integrase catalytic region  58.18 
 
 		 269 aa  72  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.724971  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  52.83 
 
 		 293 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  52.83 
 
 		 293 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  52.83 
 
 		 293 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  52.83 
 
 		 277 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0415  integrase catalytic subunit  52.83 
 
 		 231 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  57.41 
 
 		 279 aa  68.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  55.56 
 
 		 290 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  55.56 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  57.41 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  57.41 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  56.6 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4445  IS3 family transposase  50.94 
 
 		 252 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323059  hitchhiker  0.0000497697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  54.72 
 
 		 283 aa  63.9  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  54.72 
 
 		 283 aa  63.9  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  47.17 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00510  ISxac3 transposase  47.17 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653453  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  52.83 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  47.27 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  47.27 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  47.27 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  47.27 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  47.27 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  47.27 
 
 		 283 aa  61.6  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1786  integrase catalytic region  52.83 
 
 		 250 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4425  integrase, catalytic region  52.83 
 
 		 201 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  50.91 
 
 		 267 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  50.91 
 
 		 267 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  50.91 
 
 		 269 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  58.18 
 
 		 274 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0644  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  48.15 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2460  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  48.15 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.593171  normal  0.440757 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0359  ISEc16, orfB  47.17 
 
 		 207 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2945  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  47.17 
 
 		 288 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19707e-26 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0928  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  45.28 
 
 		 239 aa  53.9  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.394905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2892  Integrase catalytic region  45.9 
 
 		 274 aa  53.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  47.17 
 
 		 271 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  47.17 
 
 		 268 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3714  Integrase catalytic region  45.9 
 
 		 286 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.0904484 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  47.17 
 
 		 298 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  47.17 
 
 		 288 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  44.44 
 
 		 383 aa  52  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1118  ISEc16, orfB  45.28 
 
 		 288 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433654  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  45.28 
 
 		 288 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  43.86 
 
 		 286 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  62.5 
 
 		 270 aa  49.7  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  62.5 
 
 		 270 aa  49.7  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1456  integrase catalytic region  44.44 
 
 		 237 aa  50.1  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0392097 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3327  Integrase catalytic region  46.3 
 
 		 280 aa  48.9  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1013  integrase catalytic subunit  45.83 
 
 		 232 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  60 
 
 		 180 aa  49.3  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  46.3 
 
 		 280 aa  48.9  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0824  Integrase catalytic region  61.76 
 
 		 293 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.503124  normal  0.225797 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1097  Integrase catalytic region  61.76 
 
 		 293 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1536  Integrase catalytic region  61.76 
 
 		 293 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0496158  hitchhiker  0.00036326 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1653  Integrase catalytic region  61.76 
 
 		 293 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0770327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0260  Integrase catalytic region  61.76 
 
 		 293 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.314535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0188  integrase catalytic region  62.5 
 
 		 287 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1829  Integrase catalytic region  44.23 
 
 		 270 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2199  Integrase catalytic region  44.23 
 
 		 270 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2011  Integrase catalytic region  44.23 
 
 		 270 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.130464  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2949  Integrase catalytic region  44.23 
 
 		 270 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1484  Integrase catalytic region  44.23 
 
 		 270 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370825  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0652  integrase catalytic subunit  51.16 
 
 		 260 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.834926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0988  integrase catalytic subunit  51.16 
 
 		 260 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4608  integrase catalytic subunit  51.16 
 
 		 260 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>