More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2570 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2570  transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  421  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.565298  hitchhiker  0.000000111966 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  40.09 
 
 		 217 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 229 aa  142  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 217 aa  141  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 290 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  41.43 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 230 aa  128  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4210  GntR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 216 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 211 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.117657 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 211 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 211 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 233 aa  109  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 249 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 217 aa  108  5e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2389  putative transcriptional regulator  37.56 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0287  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 242 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  37.32 
 
 		 231 aa  105  7e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1244  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 211 aa  102  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.487831 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 219 aa  102  5e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 211 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 228 aa  101  7e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  33.01 
 
 		 226 aa  99  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 225 aa  98.6  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 230 aa  98.6  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  96.3  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 230 aa  95.9  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  32.85 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 235 aa  95.1  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 222 aa  95.1  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 232 aa  95.1  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 226 aa  94.7  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 238 aa  94.7  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 240 aa  94.4  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 235 aa  94.4  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.5 
 
 		 231 aa  94.4  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  32.85 
 
 		 222 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 232 aa  92.8  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 237 aa  92.8  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 226 aa  92.8  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.88 
 
 		 223 aa  92.4  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 206 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 239 aa  92.4  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 223 aa  92.4  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 240 aa  92  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 248 aa  92  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 222 aa  91.7  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 226 aa  91.7  8e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 253 aa  91.3  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  38.81 
 
 		 219 aa  91.3  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  33.85 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 223 aa  90.9  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 230 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 222 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  38.3 
 
 		 221 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 231 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  33.18 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3944  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 221 aa  89.7  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 250 aa  89  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 242 aa  89  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 226 aa  89  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 244 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0110  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 229 aa  88.6  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 210 aa  88.6  6e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 222 aa  89  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 219 aa  88.2  8e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 235 aa  88.2  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 223 aa  88.2  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  37.06 
 
 		 229 aa  88.2  9e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  34.43 
 
 		 243 aa  88.2  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 242 aa  88.2  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 396 aa  88.2  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 240 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>