284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1804 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1804  putative competence protein  100 
 
 		 694 aa  1353    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.254027  normal  0.193881 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1843  ComEC/Rec2-related protein  46.47 
 
 		 706 aa  523  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151379  normal  0.0423883 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3093  ComEC/Rec2-related protein  48.51 
 
 		 671 aa  512  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662312  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1134  ComEC/Rec2-related protein  48.08 
 
 		 672 aa  501  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0706  ComEC/Rec2-related protein  47.09 
 
 		 684 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.471107 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1996  putative competence protein  46.76 
 
 		 684 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3718  ComEC/Rec2-related protein  43.63 
 
 		 717 aa  388  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0627222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3179  ComEC/Rec2-related protein  38.1 
 
 		 718 aa  319  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0397465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1145  ComEC/Rec2-related protein  35.71 
 
 		 799 aa  278  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1842  ComEC/Rec2-related protein  34.11 
 
 		 778 aa  258  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.818822  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4498  putative ComEC/Rec2 family protein  34.98 
 
 		 762 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4682  ComEC/Rec2-related protein  34.96 
 
 		 752 aa  251  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0648  ComEC/Rec2-related protein  34.86 
 
 		 738 aa  251  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3250  ComEC/Rec2-related protein  35.46 
 
 		 755 aa  251  5e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1597  ComEC/Rec2-related protein  32.78 
 
 		 810 aa  247  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5147  ComEC/Rec2-related protein  34.67 
 
 		 752 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4370  ComEC/Rec2-related protein  37.05 
 
 		 757 aa  244  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.754467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1522  ComEC/Rec2-related protein  35.92 
 
 		 736 aa  243  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302052  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2562  hypothetical protein  33 
 
 		 1007 aa  235  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.418924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2810  ComEC/Rec2-related protein  35.47 
 
 		 764 aa  235  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553334  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1602  ComEC/Rec2-related protein  36.05 
 
 		 739 aa  234  6e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2044  ComEC/Rec2-related protein  31.95 
 
 		 858 aa  233  8.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2785  ComEC/Rec2-related protein  35.07 
 
 		 726 aa  232  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.457375  hitchhiker  0.00294021 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2453  ComEC/Rec2-related protein  34.42 
 
 		 774 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.869804  normal  0.603908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2840  ComEC/Rec2-related protein  33.53 
 
 		 764 aa  227  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.431764 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1411  ComEC/Rec2-related protein  32.36 
 
 		 792 aa  227  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0435  ComEC/Rec2-related protein  26.48 
 
 		 674 aa  226  8e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1679  ComEC/Rec2-related protein  32.35 
 
 		 779 aa  226  9e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38602 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1644  ComEC/Rec2-related protein  32.46 
 
 		 788 aa  220  7e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2021  ComEC/Rec2-related protein  33.76 
 
 		 760 aa  220  7e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1790  ComEC/Rec2-related protein  35.21 
 
 		 754 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0814214  hitchhiker  0.00430403 
 
 
-
 
NC_002978  WD1160  ComEC/Rec2 family protein  26.24 
 
 		 720 aa  218  2.9999999999999998e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0601  competence protein  28.12 
 
 		 757 aa  216  9.999999999999999e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.427336  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1145  ComEC/Rec2 family protein, putative  30.59 
 
 		 843 aa  214  3.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5224  ComEC/Rec2-related protein  33.87 
 
 		 753 aa  212  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1397  ComEC/Rec2-related protein  34.92 
 
 		 702 aa  204  5e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027925 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0071  ComEC/Rec2-related protein  32.08 
 
 		 697 aa  193  7e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0831  ComEC/Rec2-related protein  34.44 
 
 		 719 aa  187  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00619984 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0586  ComEC/Rec2-related protein  24.71 
 
 		 672 aa  180  1e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.330536  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3214  ComEC/Rec2-related protein  33.62 
 
 		 714 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1711  ComEC/Rec2-related protein  35.73 
 
 		 413 aa  159  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2030  ComEC/Rec2-related protein  32.64 
 
 		 760 aa  146  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1639  ComEC/Rec2-related protein  31.33 
 
 		 695 aa  144  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.830432  normal  0.388219 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0317  ComEC/Rec2 family protein  28.06 
 
 		 736 aa  136  9.999999999999999e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.13 
 
 		 770 aa  118  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0606  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.24 
 
 		 778 aa  114  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  29.89 
 
 		 825 aa  111  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3051  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.58 
 
 		 780 aa  110  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.755952  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.89 
 
 		 822 aa  107  5e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.92 
 
 		 784 aa  105  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0767  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.61 
 
 		 840 aa  104  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.65 
 
 		 799 aa  104  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.62 
 
 		 841 aa  103  8e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.35 
 
 		 766 aa  103  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1885  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.62 
 
 		 797 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.372915  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  27.35 
 
 		 747 aa  102  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2092  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.79 
 
 		 757 aa  102  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000797686  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4176  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.45 
 
 		 773 aa  97.8  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1437  ComEC/Rec2-related protein  32.12 
 
 		 750 aa  96.3  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715322 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.55 
 
 		 815 aa  97.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.84 
 
 		 878 aa  96.3  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.87 
 
 		 840 aa  95.1  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.41 
 
 		 738 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.51 
 
 		 845 aa  95.1  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1955  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  22.96 
 
 		 786 aa  94.7  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.7 
 
 		 835 aa  94  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.39 
 
 		 801 aa  93.6  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.8 
 
 		 839 aa  92.8  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2101  ComEC/Rec2-related protein  22.35 
 
 		 636 aa  92  3e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.639499  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2474  ComEC/Rec2-related protein  26.04 
 
 		 879 aa  92  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.672876  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1483  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.76 
 
 		 791 aa  91.3  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.75 
 
 		 800 aa  90.9  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4338  ComEC/Rec2-related protein  28.9 
 
 		 798 aa  90.1  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.83 
 
 		 851 aa  90.1  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  24.79 
 
 		 735 aa  89.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1915  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.04 
 
 		 798 aa  89.4  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5080  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.59 
 
 		 832 aa  89.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.411729  normal  0.0251813 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.22 
 
 		 860 aa  89.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1120  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  28.6 
 
 		 847 aa  88.6  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.511509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3848  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.96 
 
 		 738 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0792  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.44 
 
 		 773 aa  88.6  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92497  hitchhiker  0.0000000434572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1508  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.89 
 
 		 737 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  25.21 
 
 		 735 aa  88.2  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0963  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.08 
 
 		 840 aa  87  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116554  normal  0.0504124 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2510  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.14 
 
 		 794 aa  87  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.13 
 
 		 766 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  28.57 
 
 		 846 aa  86.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1921  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.03 
 
 		 752 aa  86.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00848355  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1897  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.03 
 
 		 737 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2070  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.96 
 
 		 818 aa  85.5  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1657  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.14 
 
 		 771 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2449  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.44 
 
 		 759 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.327807  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4406  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.15 
 
 		 773 aa  84.7  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.55 
 
 		 802 aa  84.7  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.17 
 
 		 785 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.23 
 
 		 861 aa  83.2  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3817  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.31 
 
 		 738 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.925349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00591  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.84 
 
 		 776 aa  83.6  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0903265  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  21.89 
 
 		 860 aa  82.4  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0924  comEC/Rec2-like protein  27.09 
 
 		 792 aa  82.4  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.158151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>