More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1094 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1094  transcriptional regulator  100 
 
 
329 aa  669    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3622  putative GAF sensor protein  52.4 
 
 
319 aa  296  5e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0853279 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2365  Fis family transcriptional regulator  49.85 
 
 
361 aa  291  9e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6716  Fis family transcriptional regulator  45.86 
 
 
349 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0953502  normal  0.172083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0270  Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
323 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3183  transcriptional regulator  41.38 
 
 
318 aa  216  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2261  Fis family transcriptional regulator  42.17 
 
 
318 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3800  transcriptional regulator, Fis family  39.43 
 
 
319 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67528  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3505  transcriptional regulator, Fis family  39.12 
 
 
319 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0193  transcriptional regulator  41.11 
 
 
403 aa  195  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1365  transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
338 aa  191  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3504  transcriptional regulator, Fis family  39.94 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.0962999 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1467  transcriptional regulator, Fis family  33.44 
 
 
316 aa  147  3e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.883578  normal  0.751491 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0598  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.36 
 
 
661 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0546  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.04 
 
 
725 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0585  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.04 
 
 
671 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0591  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.06 
 
 
671 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.495015  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3097  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.48 
 
 
624 aa  125  9e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4988  sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
638 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1431  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.38 
 
 
638 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0267113  decreased coverage  0.00146608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1088  transcriptional regulator  32.82 
 
 
640 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1780  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.38 
 
 
643 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1752  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.38 
 
 
643 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.160036 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6237  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.38 
 
 
639 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.150553  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1842  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.38 
 
 
639 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.500572  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1866  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.38 
 
 
639 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102196  hitchhiker  0.00350069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5143  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.38 
 
 
638 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0692988  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11830  transcriptional regulator  31.84 
 
 
643 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0962439  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0310  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.72 
 
 
654 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0854  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33 
 
 
659 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.47 
 
 
677 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3762  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.86 
 
 
649 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3129  transcription regulator protein  31.76 
 
 
637 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.869922  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5922  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.53 
 
 
666 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2736  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.8 
 
 
662 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.419098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08020  Sigma54-dependent transcriptional activator  32.63 
 
 
631 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1612  acetoin catabolism regulatory protein  30.68 
 
 
666 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0902  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  28.97 
 
 
672 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4952  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.41 
 
 
666 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.656553 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.3 
 
 
676 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1039  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.79 
 
 
666 aa  109  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.53 
 
 
619 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.178803 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0620  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.04 
 
 
653 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0602  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.78 
 
 
617 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0690484 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.78 
 
 
617 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0596  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.36 
 
 
617 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.47 
 
 
648 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2694  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.14 
 
 
637 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0777971  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2957  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.84 
 
 
673 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41537  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6490  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.95 
 
 
701 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519588  normal  0.249204 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3148  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.15 
 
 
628 aa  103  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41690  Sigma54-dependent transcriptional activator protein, AcoR  30.8 
 
 
613 aa  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.15857  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2614  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 
682 aa  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10290  transcriptional regulator AcoR  32.63 
 
 
625 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.153743  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7648  transcriptional regulator  26.27 
 
 
628 aa  102  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0655573  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5548  helix-turn-helix, Fis-type  30.71 
 
 
658 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541303  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.79 
 
 
647 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2936  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.02 
 
 
650 aa  102  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.805657  normal  0.713811 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0515  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.63 
 
 
623 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3574  hypothetical protein  26.39 
 
 
616 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2583  sigma-54 activated regulatory protein  33.01 
 
 
709 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0941  transcriptional regulator AcoR  32.11 
 
 
625 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0224  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  27.63 
 
 
617 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.33 
 
 
652 aa  100  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3109  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.35 
 
 
666 aa  99.4  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4156  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.33 
 
 
582 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.850412  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2218  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.56 
 
 
651 aa  98.2  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4584  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.22 
 
 
692 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.821565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.97 
 
 
682 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.86 
 
 
659 aa  97.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.6 
 
 
651 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  31.44 
 
 
609 aa  97.1  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0365  transcriptional regulator AcoR  28.02 
 
 
676 aa  96.7  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.62 
 
 
638 aa  96.3  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.14 
 
 
705 aa  95.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1017  helix-turn-helix, Fis-type  32.3 
 
 
679 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0336  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  27.71 
 
 
684 aa  94.7  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1734  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  32.04 
 
 
682 aa  95.1  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2975  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.19 
 
 
627 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.596758  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0087  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.15 
 
 
690 aa  94.4  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196259 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.37 
 
 
753 aa  92.8  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4046  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.21 
 
 
668 aa  92.4  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.19569 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3048  acetoin catabolism regulatory protein  24.8 
 
 
658 aa  92.4  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368788  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4047  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.05 
 
 
611 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3322  acetoin transcriptional regulator, sigma54 specific, AcoR  27.05 
 
 
611 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.06 
 
 
624 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  27.52 
 
 
653 aa  89.4  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1592  transcriptional regulator, Fis family  28.85 
 
 
399 aa  89.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.63 
 
 
657 aa  89.7  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5649  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.34 
 
 
653 aa  89  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169895 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3175  putative GAF sensor protein  28.34 
 
 
629 aa  89  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  30.73 
 
 
661 aa  87.8  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1769  Fis family transcriptional regulator  26.44 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.77 
 
 
661 aa  87.8  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.57 
 
 
652 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000233378 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.57 
 
 
626 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0270  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.16 
 
 
598 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773835 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  28.34 
 
 
633 aa  86.7  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32 
 
 
696 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.76 
 
 
652 aa  86.3  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>