96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1232 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1232  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 279 aa  578  1e-164  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  hitchhiker  0.00338141 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1842  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  70.71 
 
 		 287 aa  419  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4312  sugar phosphate isomerases/epimerases  37.5 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.517232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3140  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.91 
 
 		 310 aa  92.8  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4669  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.33 
 
 		 284 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.104946  hitchhiker  0.000000014237 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.06 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2482  oxidoreductase domain-containing protein  28.83 
 
 		 644 aa  61.6  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.230989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  29.05 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.6 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  26.52 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  26.62 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0458  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.35 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.590308 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  30.53 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  30.53 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  30.53 
 
 		 308 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  27.81 
 
 		 290 aa  57  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  25.86 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  30.09 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5480  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.56 
 
 		 272 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.799696  normal  0.229793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3491  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.81 
 
 		 281 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.642855  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  27.37 
 
 		 313 aa  53.5  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  29.47 
 
 		 308 aa  53.1  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0136  xylose isomerase domain-containing protein  20.45 
 
 		 250 aa  53.1  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.937365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  27.48 
 
 		 308 aa  53.1  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  22.88 
 
 		 335 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3337  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 287 aa  52.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.562048  normal  0.679518 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.15 
 
 		 331 aa  52.4  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 		 284 aa  52.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  24.04 
 
 		 333 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  29.47 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2705  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.917825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5217  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.48 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.592377 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  26.39 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0395  xylose isomerase domain-containing protein  20.72 
 
 		 252 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0482433 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2266  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.53 
 
 		 266 aa  50.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00648615  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1717  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.21 
 
 		 275 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.393807 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  27.37 
 
 		 308 aa  49.7  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.29 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  32.26 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  32.26 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6351  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.46 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  32.26 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  32.26 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  32.26 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  32.26 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  28.57 
 
 		 297 aa  48.1  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  32.26 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3285  xylose isomerase domain-containing protein  24.78 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.25 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000202898  normal  0.140843 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 		 277 aa  47.4  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.62 
 
 		 294 aa  47.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  26.13 
 
 		 333 aa  47.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 284 aa  46.6  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  28.12 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.42 
 
 		 298 aa  46.6  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.85 
 
 		 335 aa  46.6  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.83 
 
 		 334 aa  46.2  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  31.18 
 
 		 306 aa  46.2  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  27.71 
 
 		 282 aa  46.2  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3986  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.11 
 
 		 338 aa  45.8  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.984461  normal  0.0421745 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  27.34 
 
 		 296 aa  45.8  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  28.21 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.99 
 
 		 287 aa  45.4  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  25.44 
 
 		 338 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1429  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.18 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000502947  normal  0.0400752 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.54 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  28.8 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  24.59 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  30.11 
 
 		 301 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.97 
 
 		 300 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  27.86 
 
 		 311 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1695  sugar phosphate isomerases/epimerases  24.53 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0560599 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  25.19 
 
 		 296 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1892  xylose isomerase domain-containing protein  26.92 
 
 		 304 aa  43.9  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0241791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  29.79 
 
 		 292 aa  43.9  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1543  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.58 
 
 		 245 aa  43.9  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.482416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.54 
 
 		 317 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1893  xylose isomerase domain-containing protein  26.92 
 
 		 304 aa  43.5  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0559869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4661  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 243 aa  43.5  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 335 aa  43.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  25.17 
 
 		 347 aa  42.7  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.19 
 
 		 334 aa  42.7  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3079  Myo-inosose-2 dehydratase  26.05 
 
 		 287 aa  43.1  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0574  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 254 aa  43.1  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.77 
 
 		 284 aa  42.7  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0252  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.66 
 
 		 248 aa  42.7  0.007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6358  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.94 
 
 		 316 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  21.86 
 
 		 333 aa  42.7  0.007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4327  xylose isomerase domain-containing protein  27.62 
 
 		 249 aa  42.4  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.543415 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.55 
 
 		 333 aa  42.4  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  23.13 
 
 		 335 aa  42.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2249  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  22.95 
 
 		 263 aa  42.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.622554 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.68 
 
 		 332 aa  42  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>