More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3827 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3827  response regulator receiver protein  100 
 
 
122 aa  248  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.21592  normal  0.16634 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3992  response regulator receiver protein  69.23 
 
 
153 aa  171  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.383415  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0630  response regulator receiver protein  67.52 
 
 
123 aa  147  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.693982  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0651  response regulator receiver protein  66.67 
 
 
138 aa  145  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1226  response regulator receiver protein  40.98 
 
 
150 aa  72  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915128  normal  0.471544 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
887 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0006  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.98 
 
 
759 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0137592  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.25 
 
 
457 aa  63.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0685  response regulator receiver  34.88 
 
 
236 aa  62.8  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.25 
 
 
457 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1735  response regulator receiver protein  39.13 
 
 
119 aa  62  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.84 
 
 
457 aa  61.6  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
600 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7023  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.76 
 
 
763 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180026  hitchhiker  0.00000131204 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1496  sensor histidine kinase/response regulator  35.48 
 
 
725 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000109142  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2403  sensor histidine kinase/response regulator  35.48 
 
 
760 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00669702  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3169  sensor histidine kinase/response regulator  35.48 
 
 
760 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3282  sensor histidine kinase/response regulator  35.48 
 
 
760 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0788114  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1137  sensor histidine kinase/response regulator  35.48 
 
 
760 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022686  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2109  sensor histidine kinase/response regulator  35.48 
 
 
767 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00292967  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 
781 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1417  sensor histidine kinase/response regulator  35.48 
 
 
767 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000575152  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2366  sensor histidine kinase/response regulator  34.68 
 
 
768 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00256663  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1655  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.65 
 
 
462 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000025661  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
630 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 
732 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
815 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4144  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 
760 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.02765  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 
727 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  37.97 
 
 
471 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
727 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
727 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 
225 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 
497 aa  57.4  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02303  two-component system regulatory protein  29.41 
 
 
225 aa  57.4  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 
225 aa  57.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.36 
 
 
476 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.75 
 
 
472 aa  57  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3110  response regulator receiver protein  34.21 
 
 
141 aa  57  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.568252  normal  0.771305 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
789 aa  57  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
789 aa  57  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1394  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.71 
 
 
450 aa  57  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.205793  normal  0.0550645 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2532  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.75 
 
 
794 aa  56.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.108241  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  30.7 
 
 
227 aa  56.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 
866 aa  56.6  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6946  two component transcriptional regulator  33.87 
 
 
219 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.383627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.27 
 
 
782 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 
1415 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2026  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 
225 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.117597  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  30.7 
 
 
227 aa  56.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2037  response regulator receiver protein  32.2 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  31.71 
 
 
226 aa  55.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
650 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.77 
 
 
465 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5512  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
746 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0294754  normal  0.0542916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 
662 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  29.36 
 
 
121 aa  55.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4959  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
746 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00168647  normal  0.0243136 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1198  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.93 
 
 
375 aa  55.5  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328285 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  28.81 
 
 
1109 aa  56.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0842  sensory box histidine kinase/response regulator  37.8 
 
 
787 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.220519  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0010  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
764 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00266104  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1520  signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  31.03 
 
 
1303 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.124967  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 
807 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2217  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.5 
 
 
276 aa  55.1  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00294817  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1041  response regulator receiver protein  26.74 
 
 
365 aa  55.5  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.42 
 
 
457 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.42 
 
 
457 aa  54.7  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.7 
 
 
227 aa  54.7  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28 
 
 
458 aa  54.7  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  33.33 
 
 
1561 aa  54.7  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.51 
 
 
486 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 
685 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 
254 aa  54.7  0.0000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  31.4 
 
 
225 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2537  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
1222 aa  54.7  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5171  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
749 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00341574  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5688  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
749 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00115642  decreased coverage  0.000406473 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4548  histidine kinase  35.77 
 
 
749 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000713404  normal  0.70634 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.44 
 
 
461 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18020  sigma54-dependent response regulator of C4 dicarboxylate transport, two component; DctD  35.83 
 
 
446 aa  54.3  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266513  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.5 
 
 
459 aa  53.9  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  36.9 
 
 
1137 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 
1137 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  34.55 
 
 
558 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  27.73 
 
 
458 aa  53.5  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2521  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
475 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0633509 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
819 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  29.91 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  32.52 
 
 
243 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  31.25 
 
 
233 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0852  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
1055 aa  53.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 
233 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  29.91 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68250  two-component response regulator  35.77 
 
 
462 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.371358  normal  0.144717 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 
558 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  29.91 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29000  sigma54-dependent response regulator, two-component  34.75 
 
 
472 aa  52.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.99042  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1223  anti-sigma-factor antagonist  34.15 
 
 
271 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6533  cell cycle transcriptional regulator CtrA  31.25 
 
 
233 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.1191  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>