More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0748 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
264 aa  518  1e-146  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.81 
 
 
273 aa  332  5e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  59.46 
 
 
263 aa  315  7e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  61.26 
 
 
266 aa  305  6e-82  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2225  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  60.87 
 
 
266 aa  305  7e-82  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0895  ornithine carbamoyltransferase  57.63 
 
 
270 aa  300  2e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.74 
 
 
268 aa  285  4e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component domain protein  50.81 
 
 
263 aa  228  6e-59  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.683929  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
267 aa  221  7e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1644  ornithine carbamoyltransferase  41.5 
 
 
272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40 
 
 
266 aa  209  5e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40 
 
 
266 aa  209  5e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  40 
 
 
266 aa  207  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.61 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  39.61 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  39.61 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  39.61 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  39.61 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.61 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  44.21 
 
 
276 aa  207  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  40 
 
 
266 aa  206  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0632  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  43.24 
 
 
268 aa  206  3e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00665545  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.29 
 
 
256 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0325  Ornithine carbamoyltransferase  41.38 
 
 
268 aa  203  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000489255  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1494  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  40.08 
 
 
259 aa  203  2e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.968283  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.53 
 
 
257 aa  202  6e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  38.62 
 
 
273 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  42.39 
 
 
244 aa  199  3.9999999999999996e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  38.62 
 
 
273 aa  198  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  39.75 
 
 
260 aa  198  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0193  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  41.6 
 
 
276 aa  198  6e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  38.21 
 
 
273 aa  198  7.999999999999999e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  38.49 
 
 
266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1286  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  40.15 
 
 
266 aa  196  3e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0741739  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.19 
 
 
273 aa  195  5.000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.06 
 
 
264 aa  196  5.000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  45 
 
 
262 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.61 
 
 
266 aa  195  7e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.02 
 
 
266 aa  194  9e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0688  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  41.67 
 
 
270 aa  194  1e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
281 aa  194  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  37.8 
 
 
272 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
272 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
269 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1183  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
269 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000422774  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.22 
 
 
254 aa  191  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  36.96 
 
 
271 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  38.37 
 
 
272 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  39.42 
 
 
259 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.58 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  39.42 
 
 
259 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  41.59 
 
 
256 aa  189  4e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  38.98 
 
 
256 aa  189  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  39.33 
 
 
256 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.09 
 
 
256 aa  188  9e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  39.43 
 
 
256 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.19 
 
 
256 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.95 
 
 
256 aa  186  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
267 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
272 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0372  ornithine carbamoyltransferase  42.06 
 
 
261 aa  187  2e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1109  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.48 
 
 
258 aa  186  3e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1141  hypothetical protein  39.13 
 
 
255 aa  186  3e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1146  hypothetical protein  39.13 
 
 
255 aa  186  3e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  39.02 
 
 
256 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  35.21 
 
 
287 aa  185  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
258 aa  185  7e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  36 
 
 
293 aa  183  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1227  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
269 aa  182  3e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000377122  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1290  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  40.91 
 
 
265 aa  182  4.0000000000000006e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0230868  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  38.15 
 
 
286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  37.01 
 
 
274 aa  181  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.63 
 
 
278 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  35.52 
 
 
271 aa  179  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.39 
 
 
270 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.64 
 
 
267 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  36.12 
 
 
260 aa  178  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  37.84 
 
 
285 aa  178  9e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
271 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
271 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
261 aa  177  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.4 
 
 
262 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
271 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
272 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  36.4 
 
 
284 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl509  spermidine/putrescine ABC transporter permease component  40.93 
 
 
1080 aa  176  4e-43  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.637627  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  34.75 
 
 
271 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  34.75 
 
 
271 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  34.75 
 
 
271 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  34.75 
 
 
271 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
264 aa  176  4e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
271 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.11 
 
 
281 aa  175  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.11 
 
 
281 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.11 
 
 
281 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
271 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
271 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>