36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1606 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  100 
 
 		 274 aa  558  1e-158  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  60.96 
 
 		 417 aa  273  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  43.16 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  34.56 
 
 		 370 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  35.96 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  38.26 
 
 		 222 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  34.51 
 
 		 223 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  34.96 
 
 		 223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  34.65 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  34.36 
 
 		 227 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  34.48 
 
 		 229 aa  112  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  32.75 
 
 		 223 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  32.03 
 
 		 222 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  30.77 
 
 		 231 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  30.25 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  29.26 
 
 		 238 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  34.35 
 
 		 237 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  31.47 
 
 		 226 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.67 
 
 		 524 aa  83.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  27.34 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  35.94 
 
 		 417 aa  79.7  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  28.63 
 
 		 1556 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  28.17 
 
 		 611 aa  75.1  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  29.52 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  32.07 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.46 
 
 		 343 aa  72.4  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.6 
 
 		 1554 aa  67.8  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  24.68 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  24.91 
 
 		 530 aa  59.3  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  25.95 
 
 		 357 aa  53.5  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  27.01 
 
 		 224 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  24.74 
 
 		 224 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  26.64 
 
 		 367 aa  46.6  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  23.15 
 
 		 375 aa  44.3  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  27.52 
 
 		 873 aa  43.5  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  25.15 
 
 		 224 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>