More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0374 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0374  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 330 aa  648    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.492908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4573  Transcriptional regulator-like protein  58.54 
 
 		 340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  0.0733806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7048  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3644  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 327 aa  112  9e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2476  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.942555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6954  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3625  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6799  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.927236 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5933  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0593223  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1659  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 313 aa  90.5  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.362999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5055  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 319 aa  89.4  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  54.22 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  54.22 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  34.63 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0335  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.854024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.28 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  43.36 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.1 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  51.72 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  46.99 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.84 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.84 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  28.47 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  53.95 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.4 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 329 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.84 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.16 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  49.44 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  49.44 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  26.16 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  26.16 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  26.16 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2250  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.199653  normal  0.0159949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6467  regulatory protein, LysR  35.93 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  30.43 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0337  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0334498  normal  0.771059 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 298 aa  75.9  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.52 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0510  transcriptional regulator, LysR family  30.73 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.238537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  34.16 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1943  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.474659  normal  0.293166 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0066  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  27.61 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  27.61 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  27.61 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  27.61 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08730  transcriptional regulator  46.99 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188975 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  27.61 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.35 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>