More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3098 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6388  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  89.66 
 
 
388 aa  728    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.705856  normal  0.95919 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2500  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  90.96 
 
 
388 aa  741    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0843  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  80.36 
 
 
388 aa  655    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.144332  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3098  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  100 
 
 
388 aa  802    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.619628  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3357  putative mandelate racemase  90.44 
 
 
388 aa  734    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642066  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1644  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  93.8 
 
 
388 aa  757    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348632  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3553  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.63 
 
 
388 aa  722    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.999855  normal  0.290616 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1397  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.35 
 
 
389 aa  635    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5392  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.63 
 
 
388 aa  726    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3339  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.55 
 
 
388 aa  640    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.613809  normal  0.494649 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5679  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  77.52 
 
 
388 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3440  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  75.71 
 
 
388 aa  624  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2774  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.42 
 
 
389 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.68 
 
 
389 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.13 
 
 
387 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4062  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  71.65 
 
 
389 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4539  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  72.16 
 
 
387 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3499  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.61 
 
 
387 aa  596  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723068 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.68 
 
 
387 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3481  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.91 
 
 
387 aa  592  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0353609  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3384  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  71.91 
 
 
387 aa  587  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3030  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  72.16 
 
 
387 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0463  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.62 
 
 
387 aa  585  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1172  hypothetical protein  73.28 
 
 
379 aa  579  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3620  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  60.95 
 
 
388 aa  491  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.265369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4648  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.47 
 
 
388 aa  488  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.128391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4654  putative mandelate racemase  49.22 
 
 
389 aa  398  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1248  putative mandelate racemase  49.22 
 
 
388 aa  388  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0895  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.32 
 
 
388 aa  358  9e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5473  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.15 
 
 
389 aa  356  5e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0800  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.32 
 
 
386 aa  354  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0811  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.32 
 
 
386 aa  349  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4034  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  49.1 
 
 
386 aa  338  9e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11580  hypothetical protein  47.26 
 
 
389 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0933  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.77 
 
 
388 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0454  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  46.77 
 
 
388 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1061  hypothetical protein  47.03 
 
 
388 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.5 
 
 
384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.43 
 
 
373 aa  122  7e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.37 
 
 
398 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.18 
 
 
398 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.18 
 
 
398 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.18 
 
 
398 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.18 
 
 
398 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.14 
 
 
370 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.02 
 
 
398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.66 
 
 
396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.73 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.79 
 
 
390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.32 
 
 
369 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.47 
 
 
375 aa  107  5e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.37 
 
 
396 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.33 
 
 
381 aa  106  7e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.46 
 
 
421 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.37 
 
 
396 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.8 
 
 
381 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.94 
 
 
383 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.32 
 
 
381 aa  104  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  26.97 
 
 
359 aa  103  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.8 
 
 
384 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.04 
 
 
369 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.17 
 
 
367 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.32 
 
 
378 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.72 
 
 
375 aa  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.49 
 
 
377 aa  101  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.96 
 
 
378 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  25.32 
 
 
378 aa  99  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.45 
 
 
378 aa  98.6  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.43 
 
 
389 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.99 
 
 
385 aa  96.7  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  26.98 
 
 
362 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.12 
 
 
379 aa  94  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.35 
 
 
351 aa  94  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.18 
 
 
374 aa  93.6  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  27.8 
 
 
431 aa  92.8  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.06 
 
 
379 aa  92.4  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  23.81 
 
 
369 aa  90.9  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.62 
 
 
366 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27 
 
 
388 aa  90.1  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  25.61 
 
 
383 aa  89.7  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.79 
 
 
453 aa  89.4  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.202624 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4173  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.63 
 
 
432 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161442  hitchhiker  0.000391441 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4454  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.11 
 
 
385 aa  88.6  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1347  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  26.91 
 
 
432 aa  87  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5057  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.41 
 
 
431 aa  86.7  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.5 
 
 
389 aa  86.7  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.62 
 
 
395 aa  86.7  7e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.07 
 
 
390 aa  86.3  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  22.58 
 
 
400 aa  86.3  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1125  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.67 
 
 
380 aa  85.1  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.85 
 
 
371 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.24 
 
 
377 aa  85.1  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.61 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  25 
 
 
369 aa  84.3  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  32.11 
 
 
361 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.14 
 
 
377 aa  84.3  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  24.81 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.67 
 
 
393 aa  83.6  0.000000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.21 
 
 
401 aa  83.6  0.000000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>