More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4558 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4558  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 246 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0872  two component transcriptional regulator  90.4 
 
 		 265 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.574761 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4665  two component transcriptional regulator  78.3 
 
 		 241 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145034  normal  0.467542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0424  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.04 
 
 		 246 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116445  hitchhiker  0.0000956185 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0438  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 		 246 aa  251  6e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173423  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0543  response regulator transcription regulator protein  48.9 
 
 		 246 aa  227  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0060  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.4 
 
 		 235 aa  185  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.475352  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2530  two component transcriptional regulator  38.3 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.279936  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0028  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 268 aa  175  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4943  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.6 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4276  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 236 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.886118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0390  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.39 
 
 		 237 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 234 aa  168  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 234 aa  168  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 234 aa  168  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5416  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 237 aa  168  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  41.78 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3520  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1414  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0954  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.605306  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1661  two component transcriptional regulator  38.62 
 
 		 245 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0475888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4991  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 245 aa  164  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.72 
 
 		 237 aa  161  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.155156 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1004  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.72 
 
 		 237 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1073  two-component system response regulator transcription regulator protein  39.11 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139958  normal  0.232974 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4704  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0100205  normal  0.152582 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5235  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 228 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1892  two-component system response regulator transcription regulator protein  38.39 
 
 		 240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00502317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1060  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4742  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 271 aa  152  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.683328  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6247  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3159  two component transcriptional regulator  36.75 
 
 		 228 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6592  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.2732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0575  two component transcriptional regulator  34.93 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00284025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1442  two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 227 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0208535  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0005  two component transcriptional regulator  36.51 
 
 		 238 aa  132  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000487758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0059  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.71 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  35.53 
 
 		 237 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  35.53 
 
 		 237 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1073  DNA-binding response regulator  34.58 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11680  two-component regulator  35.19 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0438  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.316903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6791  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 198 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0454459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  36 
 
 		 234 aa  122  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2719  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3520  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.84 
 
 		 236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.130253 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 233 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.93 
 
 		 237 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4725  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  30.7 
 
 		 261 aa  118  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144117  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3599  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0416  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2592  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0512  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0632255  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0442  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.248748 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  30.67 
 
 		 231 aa  115  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1588  DNA-binding response regulator  32 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0515  DNA-binding response regulator  31.84 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0838  DNA-binding response regulator  31.84 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1359  DNA-binding response regulator  31.84 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0641  DNA-binding response regulator  31.84 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.84 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1563  DNA-binding response regulator  31.84 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0484  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.81925 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1748  DNA-binding response regulator  31.84 
 
 		 389 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0027  two component transcriptional regulator  33.76 
 
 		 255 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 226 aa  112  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  31.47 
 
 		 240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.74 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  30.49 
 
 		 230 aa  109  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  31.84 
 
 		 226 aa  108  8.000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  31.39 
 
 		 229 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.8 
 
 		 226 aa  108  9.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  36.41 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2886  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 253 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541925  normal  0.0968864 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1076  two-component system response regulator transcription regulator protein  29.33 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  29.6 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.25 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  31.55 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2839  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0400316  normal  0.0390199 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.93 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  35.32 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0833  DNA-binding response regulator  33.65 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1744  DNA-binding response regulator  33.65 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0635  DNA-binding response regulator  33.65 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0959742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>