More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7709 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 337 aa  692    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.04 
 
 		 339 aa  330  3e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  48.8 
 
 		 338 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  47.62 
 
 		 344 aa  295  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  47.02 
 
 		 344 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  46.57 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  45.51 
 
 		 336 aa  286  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  46.57 
 
 		 342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  46.57 
 
 		 342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  45.51 
 
 		 336 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  45.51 
 
 		 336 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  45.21 
 
 		 338 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  45.21 
 
 		 338 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  45.21 
 
 		 338 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  45.21 
 
 		 338 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  45.21 
 
 		 338 aa  281  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  40.24 
 
 		 338 aa  249  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 		 338 aa  249  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 334 aa  245  6e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 341 aa  242  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  38.69 
 
 		 334 aa  238  9e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  40.9 
 
 		 340 aa  228  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  36.44 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 346 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 382 aa  212  7e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  35.82 
 
 		 336 aa  206  6e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  35.82 
 
 		 336 aa  205  7e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  35.26 
 
 		 354 aa  199  7e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 337 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  33.9 
 
 		 391 aa  192  7e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  33.54 
 
 		 338 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  33.54 
 
 		 338 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  33.43 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 341 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  34.02 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  33.53 
 
 		 367 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 339 aa  179  7e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 344 aa  176  6e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  36.22 
 
 		 336 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 347 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  31.16 
 
 		 352 aa  160  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  31.95 
 
 		 345 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 439 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.02 
 
 		 342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  28.97 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  32 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 345 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.73 
 
 		 335 aa  149  8e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 339 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  32.7 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.47 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.52 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.84 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  30.22 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  29.86 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 337 aa  146  6e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  29.86 
 
 		 343 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  29.86 
 
 		 343 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  29.86 
 
 		 343 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  29.86 
 
 		 340 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  29.86 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.97 
 
 		 333 aa  145  8.000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  29.5 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  29.5 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  28.62 
 
 		 338 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.15 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  28.78 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3659  transcriptional regulator, LacI family  33.21 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  28.78 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  33.33 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  32.62 
 
 		 344 aa  139  8.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  29.43 
 
 		 344 aa  139  8.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 335 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  30.41 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 365 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14780  transcriptional regulator  35.87 
 
 		 355 aa  136  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.684849  normal  0.111834 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 338 aa  135  9e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.13 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  30.26 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  31.82 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  27.73 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.47 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.51 
 
 		 336 aa  132  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  26.07 
 
 		 341 aa  132  9e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  27.87 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  30.68 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.28 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  27 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1119  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140598 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3601  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0229751  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>