More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3699 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  97.97 
 
 		 344 aa  666    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 344 aa  677    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  87.24 
 
 		 342 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  87.54 
 
 		 342 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  87.54 
 
 		 342 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  73.96 
 
 		 338 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  73.67 
 
 		 338 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  73.67 
 
 		 338 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  73.96 
 
 		 338 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  73.67 
 
 		 338 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  73.51 
 
 		 336 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  73.51 
 
 		 336 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  72.97 
 
 		 336 aa  489  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  70.06 
 
 		 338 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.65 
 
 		 339 aa  345  6e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  47.02 
 
 		 337 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  44.18 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  42.34 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  42.34 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  41.49 
 
 		 336 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  41.79 
 
 		 334 aa  239  6.999999999999999e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  41.49 
 
 		 336 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  43.67 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  44.48 
 
 		 340 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  43.93 
 
 		 341 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  43.93 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  39.06 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  41.84 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  40.22 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  38.91 
 
 		 382 aa  199  6e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 337 aa  199  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  40.07 
 
 		 346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  37.5 
 
 		 340 aa  185  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  37.65 
 
 		 352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  36.84 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  35.24 
 
 		 338 aa  184  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  35.24 
 
 		 338 aa  184  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  36.95 
 
 		 336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  35.56 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 		 391 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 340 aa  173  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  34.76 
 
 		 339 aa  162  7e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.5 
 
 		 342 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.66 
 
 		 333 aa  156  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  33.87 
 
 		 337 aa  155  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  34.41 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  35.28 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  36.54 
 
 		 368 aa  152  5.9999999999999996e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.27 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  33.55 
 
 		 439 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  34.77 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  32.38 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  38.06 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 339 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 		 344 aa  150  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  31.96 
 
 		 356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  32.68 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  34.77 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  35.49 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  32 
 
 		 339 aa  142  6e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  33.67 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 363 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.61 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.61 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.61 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.61 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.61 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.13 
 
 		 347 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.01 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  34.21 
 
 		 362 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.67 
 
 		 343 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.43 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.67 
 
 		 343 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.44 
 
 		 356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.93 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.94 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 342 aa  137  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 361 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.98 
 
 		 335 aa  135  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.63 
 
 		 336 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.93 
 
 		 334 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  29.52 
 
 		 342 aa  135  8e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  32.2 
 
 		 353 aa  135  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  31.43 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.07 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  28.33 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.01 
 
 		 338 aa  133  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  28.43 
 
 		 340 aa  132  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>