More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6716 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6716  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
349 aa  692    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0953502  normal  0.172083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0270  Fis family transcriptional regulator  61.06 
 
 
323 aa  358  6e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0193  transcriptional regulator  60.15 
 
 
403 aa  308  5.9999999999999995e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2261  Fis family transcriptional regulator  52.32 
 
 
318 aa  275  7e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3800  transcriptional regulator, Fis family  51 
 
 
319 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67528  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2365  Fis family transcriptional regulator  48.15 
 
 
361 aa  272  7e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3505  transcriptional regulator, Fis family  49.33 
 
 
319 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3183  transcriptional regulator  50.17 
 
 
318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3622  putative GAF sensor protein  49.31 
 
 
319 aa  255  7e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0853279 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1094  transcriptional regulator  46.82 
 
 
329 aa  237  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1365  transcriptional regulator, Fis family  45.71 
 
 
338 aa  225  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3504  transcriptional regulator, Fis family  39.61 
 
 
327 aa  182  8.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108377  normal  0.0962999 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3097  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.75 
 
 
624 aa  153  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4988  sigma54 specific transcriptional regulator  36.77 
 
 
638 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08020  Sigma54-dependent transcriptional activator  40.31 
 
 
631 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0598  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.5 
 
 
661 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0585  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.5 
 
 
671 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0546  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
725 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0591  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.08 
 
 
671 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.495015  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.23 
 
 
648 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3129  transcription regulator protein  36.82 
 
 
637 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.869922  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2736  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.1 
 
 
662 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.419098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1088  transcriptional regulator  35.83 
 
 
640 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11830  transcriptional regulator  35.83 
 
 
643 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0962439  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4952  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.01 
 
 
666 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.656553 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0336  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  34.29 
 
 
684 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1612  acetoin catabolism regulatory protein  33.76 
 
 
666 aa  132  6e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1734  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  34.27 
 
 
682 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1467  transcriptional regulator, Fis family  31.99 
 
 
316 aa  129  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.883578  normal  0.751491 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4584  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.02 
 
 
692 aa  129  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.821565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1039  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.45 
 
 
666 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0620  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.07 
 
 
653 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2936  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.13 
 
 
650 aa  123  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.805657  normal  0.713811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3048  acetoin catabolism regulatory protein  32.91 
 
 
658 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.368788  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4156  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.12 
 
 
582 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.850412  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0365  transcriptional regulator AcoR  33.22 
 
 
676 aa  119  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0902  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  32.43 
 
 
672 aa  119  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.56 
 
 
659 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2957  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.91 
 
 
673 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41537  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.01 
 
 
677 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2694  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.5 
 
 
637 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0777971  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4046  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.48 
 
 
668 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.19569 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0087  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.88 
 
 
690 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196259 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5548  helix-turn-helix, Fis-type  31.85 
 
 
658 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541303  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2614  putative transcriptional regulator  30.2 
 
 
682 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6490  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.37 
 
 
701 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519588  normal  0.249204 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2218  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.07 
 
 
651 aa  110  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.4 
 
 
619 aa  109  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.178803 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1780  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.86 
 
 
643 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1752  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.86 
 
 
643 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.160036 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2975  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.04 
 
 
627 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.596758  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3574  hypothetical protein  33.06 
 
 
616 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1431  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.5 
 
 
638 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0267113  decreased coverage  0.00146608 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3322  acetoin transcriptional regulator, sigma54 specific, AcoR  33.91 
 
 
611 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4047  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.91 
 
 
611 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5143  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.86 
 
 
638 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0692988  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6237  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.5 
 
 
639 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.150553  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1842  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.5 
 
 
639 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.500572  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1866  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.5 
 
 
639 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102196  hitchhiker  0.00350069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0310  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.45 
 
 
654 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3727  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.14 
 
 
653 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.368153 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3109  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.11 
 
 
666 aa  103  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.94 
 
 
624 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.74 
 
 
705 aa  102  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0854  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.44 
 
 
659 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0602  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.92 
 
 
617 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0690484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.9 
 
 
682 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5922  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.3 
 
 
666 aa  99.4  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7648  transcriptional regulator  32.02 
 
 
628 aa  99.4  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0655573  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.43 
 
 
660 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0596  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.9 
 
 
617 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2583  sigma-54 activated regulatory protein  34.27 
 
 
709 aa  98.2  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.9 
 
 
617 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3762  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.79 
 
 
649 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.09 
 
 
676 aa  97.1  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.3 
 
 
672 aa  96.7  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0941  transcriptional regulator AcoR  35.39 
 
 
625 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.2 
 
 
647 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.22 
 
 
676 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41690  Sigma54-dependent transcriptional activator protein, AcoR  36.51 
 
 
613 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.15857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.82 
 
 
683 aa  93.2  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10290  transcriptional regulator AcoR  34.83 
 
 
625 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.153743  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.9 
 
 
753 aa  92.8  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2259  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 
591 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.026618 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  31.56 
 
 
653 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2439  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.05 
 
 
625 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.75 
 
 
652 aa  90.9  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  31.92 
 
 
663 aa  89.4  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.05 
 
 
582 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.496385  normal  0.125904 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.18 
 
 
667 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1413  sigma-54 dependent transcriptional regulator  27.84 
 
 
587 aa  89  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.18 
 
 
667 aa  89  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32 
 
 
657 aa  89  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1892  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
582 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  35.4 
 
 
654 aa  87.4  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.88 
 
 
699 aa  87  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.88 
 
 
708 aa  86.7  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1732  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.6 
 
 
585 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02421  hypothetical protein  33.99 
 
 
587 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.6 
 
 
687 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>