More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4287 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4287  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
295 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0108565 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3495  LysR family transcriptional regulator  76.45 
 
 
296 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.222915  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2566  transcriptional regulator, LysR family  75.59 
 
 
297 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3138  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 
296 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.20157 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4109  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 
323 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4210  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
294 aa  231  8.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0331474  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2334  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 
318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4166  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
318 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.949115  normal  0.20425 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0291  transcriptional regulator  39.11 
 
 
297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
311 aa  132  9e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
292 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
306 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 
300 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1339  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
312 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3605  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
312 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.245309  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
328 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.9 
 
 
303 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
304 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.63 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.33 
 
 
303 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
318 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.33 
 
 
303 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.33 
 
 
303 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 
303 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 
304 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.1 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
297 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.33 
 
 
303 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 
303 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 
312 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
304 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30 
 
 
303 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
300 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.67 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 
290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 
311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.67 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.67 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.67 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 
295 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
305 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 
305 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
294 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 
293 aa  116  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
310 aa  115  7.999999999999999e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30 
 
 
303 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
296 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
318 aa  115  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
347 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  28 
 
 
294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.92 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.92 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.92 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>