More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2130 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 
331 aa  632  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.31 
 
 
333 aa  385  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.37 
 
 
331 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  61.37 
 
 
331 aa  378  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.68 
 
 
331 aa  378  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.37 
 
 
331 aa  378  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.37 
 
 
331 aa  378  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  61.37 
 
 
331 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.57 
 
 
330 aa  374  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.57 
 
 
330 aa  374  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.57 
 
 
330 aa  374  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.06 
 
 
331 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.06 
 
 
329 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.06 
 
 
331 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.75 
 
 
330 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.06 
 
 
330 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.39 
 
 
338 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.41 
 
 
322 aa  354  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.26 
 
 
322 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.58 
 
 
322 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.36 
 
 
330 aa  340  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  61.59 
 
 
326 aa  337  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.5 
 
 
320 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.56 
 
 
320 aa  330  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.87 
 
 
320 aa  315  9e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59 
 
 
320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.67 
 
 
320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.48 
 
 
320 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.48 
 
 
320 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.13 
 
 
320 aa  288  6e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.25 
 
 
362 aa  265  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.89 
 
 
362 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.89 
 
 
362 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.57 
 
 
362 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.87 
 
 
338 aa  263  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  52.29 
 
 
322 aa  262  6e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.88 
 
 
362 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.78 
 
 
359 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.15 
 
 
365 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.39 
 
 
362 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.7 
 
 
342 aa  253  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.48 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  50.85 
 
 
357 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  50.85 
 
 
357 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.21 
 
 
365 aa  242  7e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  50.5 
 
 
332 aa  226  4e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  45.7 
 
 
329 aa  216  5e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  42 
 
 
349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  42.15 
 
 
326 aa  196  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  39.93 
 
 
341 aa  165  9e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  40.13 
 
 
344 aa  162  7e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  37.63 
 
 
340 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01010  monosaccharide ABC transporter membrane protein  39.79 
 
 
346 aa  150  3e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3322  monosaccharide-transporting ATPase  38.46 
 
 
327 aa  142  8e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.897327  normal  0.423972 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  35.82 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  33.69 
 
 
320 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2448  inner-membrane translocator  36.64 
 
 
327 aa  139  8.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0992718  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0155  inner-membrane translocator  37.12 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00293955  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  37.86 
 
 
324 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  35.17 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  35.17 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  35.17 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0149  Monosaccharide-transporting ATPase  36.82 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259249  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  35.17 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  35.17 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  39.52 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  34.83 
 
 
311 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  35.17 
 
 
311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  34.83 
 
 
311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  34.83 
 
 
311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  34.83 
 
 
311 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 
835 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3229  monosaccharide-transporting ATPase  37.41 
 
 
324 aa  132  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1273  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  34.29 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  36.07 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  36.88 
 
 
322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  37.32 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3707  inner-membrane translocator  36.56 
 
 
335 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480101  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  33.97 
 
 
310 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  34.27 
 
 
333 aa  130  3e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  36.19 
 
 
327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1602  monosaccharide-transporting ATPase  34.87 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2687  inner-membrane translocator  37.98 
 
 
348 aa  129  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  33.23 
 
 
343 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0814  monosaccharide-transporting ATPase  31.99 
 
 
327 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0814  sugar ABC transporter, permease protein  31.99 
 
 
327 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4659  monosaccharide-transporting ATPase  36.71 
 
 
331 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  33.23 
 
 
343 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2883  inner-membrane translocator  33.67 
 
 
348 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.797919 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.17 
 
 
322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4626  Monosaccharide-transporting ATPase  34.45 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  33.11 
 
 
331 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5341  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  37.41 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  30.59 
 
 
354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  36.14 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4227  monosaccharide-transporting ATPase  36.9 
 
 
326 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1921  inner-membrane translocator  38.02 
 
 
354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.748893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  34.28 
 
 
353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2698  putative sugar ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>