More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_4065 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 		 330 aa  646    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 		 330 aa  646    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 		 330 aa  646    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  84.55 
 
 		 330 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  82.19 
 
 		 320 aa  484  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  81.25 
 
 		 320 aa  479  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70.81 
 
 		 329 aa  474  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  70.3 
 
 		 331 aa  472  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  70.3 
 
 		 331 aa  472  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70.3 
 
 		 331 aa  472  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70 
 
 		 331 aa  471  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70.81 
 
 		 330 aa  471  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70.3 
 
 		 331 aa  472  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  70.3 
 
 		 331 aa  472  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70 
 
 		 331 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70 
 
 		 331 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70.3 
 
 		 333 aa  465  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  69.7 
 
 		 330 aa  464  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  65.94 
 
 		 322 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  65.94 
 
 		 322 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.65 
 
 		 322 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.68 
 
 		 338 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  59.57 
 
 		 331 aa  348  7e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  59.22 
 
 		 326 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.84 
 
 		 320 aa  325  7e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.06 
 
 		 320 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  55.66 
 
 		 320 aa  309  4e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  55.35 
 
 		 322 aa  306  4.0000000000000004e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.42 
 
 		 320 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.42 
 
 		 320 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.08 
 
 		 320 aa  289  4e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.63 
 
 		 338 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.19 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.19 
 
 		 362 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.88 
 
 		 362 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.19 
 
 		 362 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.4 
 
 		 365 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.84 
 
 		 342 aa  260  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.19 
 
 		 362 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.56 
 
 		 362 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.94 
 
 		 359 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.7 
 
 		 365 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  46.53 
 
 		 357 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  46.53 
 
 		 357 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.86 
 
 		 327 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  45.31 
 
 		 329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  45.4 
 
 		 326 aa  210  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  46.91 
 
 		 332 aa  208  9e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  41.07 
 
 		 349 aa  203  4e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  42.3 
 
 		 341 aa  182  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  37.65 
 
 		 340 aa  169  7e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  39.27 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  37.66 
 
 		 344 aa  152  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  37.93 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  37.37 
 
 		 322 aa  151  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  37.93 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 		 835 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.42 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  38.43 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  37.05 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  37.5 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2699  putative sugar ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3779  putative sugar ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2570  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2698  putative sugar ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1131  monosaccharide-transporting ATPase  36.56 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  37.38 
 
 		 336 aa  146  5e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 346 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02438  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.56 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1122  Monosaccharide-transporting ATPase  36.56 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.55 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02402  hypothetical protein  36.56 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2831  putative sugar ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  36.21 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  38.63 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.55 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4227  monosaccharide-transporting ATPase  37.1 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  33.88 
 
 		 354 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 311 aa  143  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  35.86 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  35.86 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  39.68 
 
 		 348 aa  141  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  37.21 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  37.83 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22090  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0774  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0308372 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  38.67 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  39.69 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 		 334 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  37.68 
 
 		 327 aa  138  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 		 334 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  34.13 
 
 		 342 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>