More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1050 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 
342 aa  663    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  82.1 
 
 
338 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  69.3 
 
 
357 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  69.3 
 
 
357 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  64.76 
 
 
365 aa  358  5e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.41 
 
 
362 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.09 
 
 
365 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.09 
 
 
362 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.09 
 
 
362 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.09 
 
 
362 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  64.04 
 
 
362 aa  351  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.09 
 
 
359 aa  345  5e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  64.6 
 
 
327 aa  345  5e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.09 
 
 
362 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.39 
 
 
320 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.85 
 
 
320 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.16 
 
 
331 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  53.16 
 
 
331 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.16 
 
 
331 aa  298  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.48 
 
 
331 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.16 
 
 
331 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  53.16 
 
 
331 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.16 
 
 
331 aa  297  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.16 
 
 
331 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.16 
 
 
333 aa  296  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.48 
 
 
330 aa  293  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  55.62 
 
 
332 aa  291  1e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.6 
 
 
320 aa  289  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.22 
 
 
330 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.89 
 
 
329 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  54.6 
 
 
326 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.84 
 
 
330 aa  280  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.84 
 
 
330 aa  280  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.84 
 
 
330 aa  280  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.35 
 
 
322 aa  279  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.54 
 
 
320 aa  278  8e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.54 
 
 
320 aa  278  8e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.54 
 
 
320 aa  278  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.41 
 
 
322 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.47 
 
 
322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  53 
 
 
322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.63 
 
 
338 aa  264  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  50 
 
 
326 aa  263  3e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.1 
 
 
320 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.95 
 
 
320 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  50.96 
 
 
329 aa  247  2e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.47 
 
 
330 aa  246  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.7 
 
 
331 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  41.83 
 
 
349 aa  228  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  47.94 
 
 
344 aa  222  6e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  46.31 
 
 
341 aa  206  5e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01010  monosaccharide ABC transporter membrane protein  41.79 
 
 
346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  39.32 
 
 
340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  41.39 
 
 
348 aa  166  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  35.35 
 
 
312 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  36.99 
 
 
326 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4626  Monosaccharide-transporting ATPase  37.09 
 
 
348 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  35.11 
 
 
324 aa  149  8e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4029  ribose ABC transporter, permease protein  35.24 
 
 
330 aa  149  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4097  sugar transport system permease  35.24 
 
 
330 aa  149  9e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0126  monosaccharide-transporting ATPase  35.24 
 
 
330 aa  149  9e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  34.84 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  38.79 
 
 
835 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  33.89 
 
 
350 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  37.33 
 
 
310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  35.35 
 
 
331 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  36.01 
 
 
322 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11050  monosaccharide ABC transporter membrane protein  38.99 
 
 
358 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  37.33 
 
 
310 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  33.75 
 
 
354 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  37.58 
 
 
314 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 
310 aa  144  3e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  38.19 
 
 
309 aa  144  3e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  35.13 
 
 
309 aa  143  4e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  34.19 
 
 
346 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  36.86 
 
 
306 aa  142  8e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  37.29 
 
 
336 aa  142  8e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  35.4 
 
 
322 aa  142  9e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  35.99 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  38.18 
 
 
311 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  35.99 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3047  inner-membrane translocator  36.13 
 
 
321 aa  142  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.853041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  35.99 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  38.18 
 
 
311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  35.53 
 
 
342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1030  monosaccharide-transporting ATPase  35.86 
 
 
341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  35.53 
 
 
334 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  36.45 
 
 
322 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
331 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  37.82 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4336  Monosaccharide-transporting ATPase  37.02 
 
 
340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  35.17 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4865  inner-membrane translocator  34.99 
 
 
333 aa  140  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  37.45 
 
 
311 aa  139  7e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>