More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6196 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  98.34 
 
 		 362 aa  697    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 		 362 aa  707    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  91.69 
 
 		 362 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  91.69 
 
 		 362 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  91.69 
 
 		 362 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  91.44 
 
 		 362 aa  592  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  84.51 
 
 		 365 aa  565  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  88.17 
 
 		 359 aa  553  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  75.56 
 
 		 365 aa  484  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  63.08 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  63.08 
 
 		 357 aa  361  9e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  64.78 
 
 		 338 aa  358  6e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.41 
 
 		 342 aa  358  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.99 
 
 		 327 aa  320  3e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.96 
 
 		 320 aa  293  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.88 
 
 		 320 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.88 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.88 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.88 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.84 
 
 		 320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  57.64 
 
 		 332 aa  282  5.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.25 
 
 		 331 aa  275  9e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.45 
 
 		 338 aa  275  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  48.96 
 
 		 331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.96 
 
 		 331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50 
 
 		 331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  50 
 
 		 331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50 
 
 		 331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50 
 
 		 331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50 
 
 		 331 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.94 
 
 		 330 aa  271  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.24 
 
 		 329 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.16 
 
 		 330 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.04 
 
 		 320 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.28 
 
 		 333 aa  268  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.2 
 
 		 320 aa  266  4e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.2 
 
 		 320 aa  266  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  49.55 
 
 		 326 aa  264  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  54.84 
 
 		 329 aa  263  3e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.25 
 
 		 331 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.12 
 
 		 322 aa  259  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.64 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.98 
 
 		 330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  51.25 
 
 		 322 aa  248  9e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  47.88 
 
 		 322 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.56 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.56 
 
 		 320 aa  246  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  48.33 
 
 		 349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  47.04 
 
 		 326 aa  239  5.999999999999999e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  46.48 
 
 		 344 aa  222  9.999999999999999e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01010  monosaccharide ABC transporter membrane protein  44.24 
 
 		 346 aa  218  1e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  46.75 
 
 		 341 aa  216  5e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  38.92 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  36 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  36 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  36 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  40.24 
 
 		 348 aa  146  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  40.15 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4626  Monosaccharide-transporting ATPase  38.43 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3707  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 335 aa  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480101  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  37.46 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4682  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.74 
 
 		 345 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.377068  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2448  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 327 aa  139  8.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0992718  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1518  monosaccharide-transporting ATPase  35.74 
 
 		 345 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0853941  normal  0.0193721 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 331 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1852  ribose ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1062  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.379015  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1542  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  37.76 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  35.35 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  37.42 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  39.85 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  36.73 
 
 		 346 aa  136  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11050  monosaccharide ABC transporter membrane protein  36.61 
 
 		 358 aa  135  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  41.63 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1464  monosaccharide-transporting ATPase  35.41 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.987014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.75 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2491  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  36.11 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2400  Monosaccharide-transporting ATPase  36.88 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1424  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  37.72 
 
 		 327 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1712  monosaccharide-transporting ATPase  35.39 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0294222 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 350 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  36.88 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 		 342 aa  132  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  36.88 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  33.02 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  35.47 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  35.27 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  37.75 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0285  carbohydrate ABC transporter permease  34.39 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0196  carbohydrate ABC transporter permease  34.39 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2883  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 348 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.797919 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  39.16 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  39.39 
 
 		 327 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  36 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>