More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4098 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 		 357 aa  702    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  100 
 
 		 357 aa  702    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  69.3 
 
 		 342 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  67.52 
 
 		 338 aa  389  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.61 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.08 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.4 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.27 
 
 		 362 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  66.35 
 
 		 362 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  66.35 
 
 		 362 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  66.35 
 
 		 362 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  66.67 
 
 		 362 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.34 
 
 		 359 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.84 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  60.13 
 
 		 332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.77 
 
 		 320 aa  283  4.0000000000000003e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.47 
 
 		 320 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.64 
 
 		 320 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.53 
 
 		 330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.53 
 
 		 330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.53 
 
 		 330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.53 
 
 		 331 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  53.85 
 
 		 329 aa  266  5.999999999999999e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.21 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  48.21 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.21 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.86 
 
 		 330 aa  265  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  48.21 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.21 
 
 		 331 aa  265  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  47.88 
 
 		 331 aa  264  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  47.88 
 
 		 331 aa  264  2e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.53 
 
 		 333 aa  262  6.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  49.53 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.65 
 
 		 330 aa  261  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  45.73 
 
 		 329 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.99 
 
 		 320 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.99 
 
 		 320 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.99 
 
 		 320 aa  256  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  47.29 
 
 		 338 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  47.53 
 
 		 330 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.39 
 
 		 322 aa  245  9e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  47.25 
 
 		 322 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  50.16 
 
 		 322 aa  243  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.93 
 
 		 322 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  46.77 
 
 		 349 aa  239  5.999999999999999e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  49.18 
 
 		 331 aa  239  6.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  47.62 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.91 
 
 		 320 aa  227  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.03 
 
 		 320 aa  225  9e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  46.27 
 
 		 344 aa  222  8e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01010  monosaccharide ABC transporter membrane protein  44.62 
 
 		 346 aa  211  2e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  45.17 
 
 		 341 aa  206  7e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  39.27 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  37.03 
 
 		 340 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11050  monosaccharide ABC transporter membrane protein  36.45 
 
 		 358 aa  155  8e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  36.06 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4626  Monosaccharide-transporting ATPase  37.94 
 
 		 348 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  39.58 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  39.58 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  39.58 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  38.52 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  37.74 
 
 		 336 aa  145  8.000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  34.18 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  31.2 
 
 		 354 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  37.15 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  35.99 
 
 		 327 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  36.71 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  36.46 
 
 		 311 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2400  Monosaccharide-transporting ATPase  39.13 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 331 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  36.11 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.11 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.11 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.46 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  36.11 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1133  monosaccharide-transporting ATPase  33.64 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000291616  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  34.33 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  35.76 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  34.33 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  37.63 
 
 		 327 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2077  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110578 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  35.42 
 
 		 311 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  36.49 
 
 		 334 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  35.42 
 
 		 311 aa  139  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  34.33 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  32.69 
 
 		 320 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1030  monosaccharide-transporting ATPase  34.42 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3250  ribose ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  37.28 
 
 		 327 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3384  monosaccharide-transporting ATPase  32.51 
 
 		 381 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0912  ribose ABC transporter permease  32.51 
 
 		 381 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4928  monosaccharide-transporting ATPase  33.79 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611047  normal  0.698391 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1464  monosaccharide-transporting ATPase  36.63 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.987014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1424  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  37.62 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2883  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 348 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.797919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>