More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1989 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 		 320 aa  618  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 		 320 aa  618  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  99.69 
 
 		 320 aa  616  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  86.88 
 
 		 320 aa  535  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  87.81 
 
 		 320 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  65.62 
 
 		 320 aa  390  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  57 
 
 		 331 aa  324  1e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57 
 
 		 331 aa  324  2e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  57 
 
 		 331 aa  324  2e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.86 
 
 		 330 aa  323  2e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  57 
 
 		 331 aa  324  2e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  57 
 
 		 331 aa  324  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.86 
 
 		 330 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.86 
 
 		 330 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  57 
 
 		 331 aa  324  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.68 
 
 		 331 aa  323  3e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.35 
 
 		 331 aa  322  5e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.17 
 
 		 330 aa  320  3e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.03 
 
 		 329 aa  318  1e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.35 
 
 		 333 aa  315  5e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  55.05 
 
 		 330 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  55.84 
 
 		 326 aa  311  5.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  57.19 
 
 		 322 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.96 
 
 		 322 aa  309  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.86 
 
 		 322 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  54.84 
 
 		 338 aa  305  6e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  57.23 
 
 		 320 aa  299  5e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  52.38 
 
 		 338 aa  296  4e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.75 
 
 		 342 aa  295  8e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  57.42 
 
 		 320 aa  295  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.67 
 
 		 331 aa  295  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.02 
 
 		 327 aa  293  3e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.74 
 
 		 330 aa  291  9e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.43 
 
 		 362 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.43 
 
 		 362 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.43 
 
 		 362 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.79 
 
 		 359 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.1 
 
 		 365 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  51.11 
 
 		 362 aa  279  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.79 
 
 		 362 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.79 
 
 		 362 aa  271  7e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  51.94 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.48 
 
 		 365 aa  267  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  48.28 
 
 		 357 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  48.28 
 
 		 357 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  49.84 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  46.65 
 
 		 329 aa  237  2e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  43.96 
 
 		 349 aa  222  8e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  41.14 
 
 		 326 aa  196  4.0000000000000005e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01010  monosaccharide ABC transporter membrane protein  41.77 
 
 		 346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  40.88 
 
 		 344 aa  182  9.000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  40.12 
 
 		 341 aa  175  8e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  38.66 
 
 		 340 aa  168  9e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  38.28 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  37.93 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 331 aa  153  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4626  Monosaccharide-transporting ATPase  36.36 
 
 		 348 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  36.43 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  36.43 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  33.43 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  34.94 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  32.77 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  35.62 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  35.31 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0814  monosaccharide-transporting ATPase  34.63 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0814  sugar ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  36.14 
 
 		 342 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  37.23 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.88 
 
 		 311 aa  145  9e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.88 
 
 		 311 aa  145  9e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  36.88 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  36.52 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  38.35 
 
 		 327 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  36.88 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.88 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4659  monosaccharide-transporting ATPase  35.6 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  36.42 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2942  Monosaccharide-transporting ATPase  34.78 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.868986 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 		 311 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2883  inner-membrane translocator  37.4 
 
 		 348 aa  143  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.797919 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0156  sugar ABC transporter permease  34.63 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000155105 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  37.13 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  33.01 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  37.09 
 
 		 835 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3707  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480101  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  36.36 
 
 		 333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  33.01 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  36.69 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.33 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4928  monosaccharide-transporting ATPase  33.75 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611047  normal  0.698391 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3322  monosaccharide-transporting ATPase  34.85 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.897327  normal  0.423972 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3263  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 341 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3426  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 332 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  34 
 
 		 334 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11050  monosaccharide ABC transporter membrane protein  35.71 
 
 		 358 aa  139  6e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1133  monosaccharide-transporting ATPase  32.22 
 
 		 359 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000291616  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  35.07 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>