More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4853 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04099  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  98.79 
 
 		 331 aa  634    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3780  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  98.79 
 
 		 331 aa  634    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.948724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4853  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  100 
 
 		 330 aa  644    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4484  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  99.09 
 
 		 331 aa  635    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4800  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  98.79 
 
 		 331 aa  634    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04063  hypothetical protein  98.79 
 
 		 331 aa  634    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3763  Monosaccharide-transporting ATPase  98.49 
 
 		 331 aa  632  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4708  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  98.49 
 
 		 331 aa  632  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5750  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  98.19 
 
 		 331 aa  632  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  95.41 
 
 		 333 aa  605  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0967  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  89.88 
 
 		 330 aa  577  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0981  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  90.49 
 
 		 329 aa  578  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0479  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  69.7 
 
 		 330 aa  464  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0714563 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0151  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  69.7 
 
 		 330 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.302956  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4065  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  69.7 
 
 		 330 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.937045  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4765  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70.81 
 
 		 330 aa  421  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4036  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  70.31 
 
 		 320 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4226  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  69.69 
 
 		 320 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1415  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.97 
 
 		 338 aa  363  2e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1723  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  63.67 
 
 		 322 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0136536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4911  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  61.8 
 
 		 322 aa  354  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.716765  normal  0.452459 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1907  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  62.38 
 
 		 322 aa  348  9e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0669579  normal  0.893189 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2130  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  60.44 
 
 		 331 aa  342  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5051  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  61.29 
 
 		 326 aa  337  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0769  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  58.39 
 
 		 320 aa  311  7.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.539322  normal  0.0929356 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2150  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  57.65 
 
 		 320 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0341131  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2056  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  56.63 
 
 		 320 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3532  monosaccharide-transporting ATPase  53.29 
 
 		 322 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0851212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  55.89 
 
 		 320 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0141667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1985  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  55.89 
 
 		 320 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.310833  hitchhiker  0.000282097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2076  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  55.89 
 
 		 320 aa  287  2e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.915821  hitchhiker  0.00000228556 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2249  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.63 
 
 		 338 aa  280  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0318239  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1050  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  53.48 
 
 		 342 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6196  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.16 
 
 		 362 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5624  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.74 
 
 		 362 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00270598  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6480  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.74 
 
 		 362 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.262265  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5989  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.74 
 
 		 362 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492271  normal  0.0307688 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4811  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  50.81 
 
 		 365 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177862  hitchhiker  0.000601572 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2345  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.52 
 
 		 359 aa  242  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5515  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.86 
 
 		 365 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.369376 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5927  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  48.43 
 
 		 362 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0316378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4210  Monosaccharide-transporting ATPase  48.86 
 
 		 357 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.927832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4098  Monosaccharide-transporting ATPase  48.86 
 
 		 357 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.739278 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5960  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  47.71 
 
 		 362 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.916826  normal  0.0568328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6220  inner membrane ABC transporter permease protein YjfF  46.3 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1852  Monosaccharide-transporting ATPase  47.88 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.662863  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3038  inner-membrane translocator  41.88 
 
 		 349 aa  204  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0422  Monosaccharide-transporting ATPase  43.97 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2117  monosaccharide-transporting ATPase  44.37 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1226  inner-membrane translocator  41.95 
 
 		 341 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  39.39 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0281  Monosaccharide-transporting ATPase  38.85 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.100534 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  39.79 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  40.13 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  39.45 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  40.7 
 
 		 835 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  39.46 
 
 		 327 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  40.07 
 
 		 322 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  36.54 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  37.14 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.82 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  35.85 
 
 		 324 aa  146  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 320 aa  146  6e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0048  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC transporter permease  34.37 
 
 		 340 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000309961  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  37.16 
 
 		 322 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  38.51 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.36 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  35.87 
 
 		 334 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  35.87 
 
 		 334 aa  142  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.01 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0690  Monosaccharide-transporting ATPase  37.89 
 
 		 348 aa  142  7e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0715844 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  37.84 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  37.83 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  35.66 
 
 		 311 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4659  monosaccharide-transporting ATPase  37.37 
 
 		 331 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  37.16 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  35.66 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  35.66 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  39.69 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01010  monosaccharide ABC transporter membrane protein  38.39 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  39.24 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 354 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0774  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0308372 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  38.08 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  36.61 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  36.61 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  36.61 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  40.15 
 
 		 322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  36.61 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  36.61 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>