More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1212 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  100 
 
 
346 aa  698    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  77.75 
 
 
346 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  78.03 
 
 
346 aa  549  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  78.61 
 
 
345 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3114  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  72.64 
 
 
347 aa  481  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548007  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  66.46 
 
 
342 aa  422  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  65.55 
 
 
340 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  66.35 
 
 
341 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  66.35 
 
 
341 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2619  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  64.47 
 
 
341 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997079  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1751  D-xylose ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  61.96 
 
 
345 aa  397  1e-109  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.067893  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60 
 
 
340 aa  388  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  42.17 
 
 
332 aa  242  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  42.17 
 
 
332 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  41.06 
 
 
347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  39.64 
 
 
332 aa  232  9e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  41.14 
 
 
330 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.14 
 
 
330 aa  229  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  41.14 
 
 
330 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  41.14 
 
 
330 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  41.14 
 
 
330 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  41.14 
 
 
330 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  41.14 
 
 
330 aa  229  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  40.8 
 
 
330 aa  228  9e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.77 
 
 
351 aa  228  1e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  38.63 
 
 
330 aa  227  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  39.26 
 
 
331 aa  226  5.0000000000000005e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  41.34 
 
 
342 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  39.88 
 
 
333 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.09 
 
 
342 aa  222  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.09 
 
 
342 aa  222  9e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.88 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  42.28 
 
 
339 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.09 
 
 
342 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.09 
 
 
342 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.09 
 
 
342 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  38.55 
 
 
331 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  40.13 
 
 
335 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.41 
 
 
342 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.75 
 
 
342 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.98 
 
 
381 aa  219  6e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  38.25 
 
 
331 aa  219  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.75 
 
 
342 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  38.25 
 
 
331 aa  219  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.94 
 
 
342 aa  219  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  41.75 
 
 
365 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  41.97 
 
 
339 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  38.32 
 
 
333 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  40.74 
 
 
342 aa  216  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.3 
 
 
368 aa  215  8e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.28 
 
 
335 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.28 
 
 
335 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.19 
 
 
333 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2699  D-xylose-binding periplasmic protein precursor  59.88 
 
 
171 aa  210  3e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.544213  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.96 
 
 
344 aa  208  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  38.85 
 
 
333 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.51 
 
 
333 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.2 
 
 
350 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  36.61 
 
 
352 aa  191  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  34.2 
 
 
352 aa  180  4e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2701  D-xylose-binding periplasmic protein precursor  59.41 
 
 
180 aa  172  9e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.614373  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  36.02 
 
 
360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  34.23 
 
 
356 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  38.14 
 
 
370 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  33.53 
 
 
376 aa  155  9e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  32.31 
 
 
362 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  37.41 
 
 
369 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.59 
 
 
354 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.3 
 
 
353 aa  145  9e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.3 
 
 
353 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  34.39 
 
 
372 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.98 
 
 
363 aa  145  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  33.77 
 
 
376 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  32.94 
 
 
385 aa  143  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  32.62 
 
 
381 aa  143  4e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.7 
 
 
361 aa  142  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.75 
 
 
354 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.75 
 
 
354 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  35.05 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  34.15 
 
 
374 aa  139  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  33.23 
 
 
359 aa  139  7e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  31.75 
 
 
385 aa  139  7.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  30.9 
 
 
354 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  33.02 
 
 
378 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  31.79 
 
 
355 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.44 
 
 
356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  34.3 
 
 
373 aa  136  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  30.35 
 
 
388 aa  135  7.000000000000001e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  31.42 
 
 
384 aa  135  7.000000000000001e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  29.3 
 
 
365 aa  135  8e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  33.02 
 
 
356 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  34.29 
 
 
353 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.6 
 
 
364 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  32.92 
 
 
379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.33 
 
 
376 aa  133  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  32.12 
 
 
383 aa  133  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  31.76 
 
 
366 aa  133  5e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0693  ABC-type xylose transport system periplasmic component  40.62 
 
 
261 aa  132  6e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0157817 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  32.76 
 
 
354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  29.27 
 
 
378 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>